基于DNA条形码技术的珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征的研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 孔啸兰

作者： 孔啸兰;张帅;陈作志;林昭进;蒋佩文;江艳娥

作者机构：

关键词： COⅠ基因;12S rRNA基因;鱼卵和仔稚鱼;DNA条形码

期刊名称： 海洋学报(中文版)

ISSN： 0253-4193

年卷期： 2023 年 45 卷 003 期

页码： 52-65

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 采用线粒体COⅠ和12S rRNA基因片段作为DNA条形码,分析珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征,并探究两种条形码在鱼卵和仔稚鱼种类鉴定中的适用性.研究共扩增样本391个,成功鉴定的鱼卵和仔稚鱼共7目25科42属60种(2种未鉴定到种).其中,以鲈形目(Perci-formes)种类和数量最多,种类数占比为51.6%,数量占比为47.91%;其次为鲱形目(Clupeiformes),种类数占比为25%,数量占比为34.56%.优势种10种,其中凤鲚(Coilia mystus)优势度最高,为0.071;棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)最低,为0.014.COⅠ和12S rRNA基因片段扩增结果显示,鱼卵和仔稚鱼12S rRNA基因片段扩增成功率(95.60%)明显高于COⅠ基因(43.22%).遗传距离和ABGD分析显示,COⅠ基因种内遗传距离为0~0.005(平均0.003),种间遗传距离为0.061~0.376(平均0.253),两者间存在明显的"条形码间隙",ABGD划分结果与数据库比对结果一致;12S rRNA基因种内遗传距离为0~0.011(平均0.007),种间遗传距离为0.007~0.487(平均0.283),龟鰉(Chelon haematocheila)和前鳞龟鰉(Chelon affinis)种间遗传距离与种内遗传距离不形成"条形码间隙",ABGD将其划分为同一种.系统发育分析显示,在种的分类阶元,所有物种均能聚为独立分支,得到有效区分.综上,线粒体COⅠ和12S rRNA条形码可有效鉴定珠江口大多数鱼卵和仔稚鱼,但是COⅠ基因扩增成功率较低,12S rRNA基因部分近缘物种存在区分困难的情况,两种基因结合使用更能提高鱼卵和仔稚鱼种类鉴定的成功率和准确性.

分类号： S932.4

  • 相关文献

[1]魁蚶(Scapharca broughtonii)不同地理群体的遗传多样性及种群结构. 刘寒苗,吴彪,刘志鸿,杨爱国,周丽青,孙秀俊. 2017

[2]狼山鸡保种群不同世代线粒体COⅠ基因条形码变化规律研究. 屠云洁,束婧婷,章明,苏一军,单艳菊,姬改革,邹剑敏. 2016

[3]DNA条形码技术在田间常见蓟马种类识别中的应用. 万方浩,张爱兵,闵亮,张桂芬. 2012

[4]基于线粒体COⅠ基因狼山鸡和鹿苑鸡DNA条形编码分析. 薛茂云,高玉时,屠云洁,唐修君,王克华,童海兵. 2009

[5]DNA条形码在篮子鱼科鱼类种类鉴定和系统进化分析中的应用. 闫亚利,张楠,郭华阳,郭梁,朱克诚,刘宝锁,张殿昌. 2019

[6]6个地方鸡种线粒体CO Ⅰ基因的DNA条形码. 高玉时,屠云洁,童海兵,王克华,陈宽维,顾荣. 2007

[7]基于线粒体COⅠ基因的2个新发现鸡种资源DNA编码研究. 唐修君,高玉时,屠云洁,陆俊贤,张小燕. 2011

[8]狼山鸡保种群不同世代线粒体DNA条形码变化规律研究. 屠云洁,束婧婷,章明,苏一军,单艳菊,姬改革,邹剑敏. 2016

[9]基于线粒体CO Ⅰ基因15个鸡种的DNA编码研究. 高玉时,唐修君,屠云洁,陆俊贤,薛茂云,施祖灏,张小燕. 2011

[10]3个地方鸡种线粒体DNA COⅠ基因条形码遗传多样性研究. 屠云洁,陈国宏,高玉时,王克华,童海兵,张学余. 2009

[11]水貂12S rRNA基因序列测定及鼬属动物的系统进化关系. 涂剑锋,王雷,荣敏,徐佳萍,章秀婷,杨福合. 2009

[12]瓦氏雅罗鱼群体基于CO Ⅰ序列的遗传多样性分析. 窦新杰,常玉梅,唐然,孙效文,陶然,王楠,梁利群,张丽霞. 2014

[13]基于COⅠ基因序列的长腹剑水蚤系统进化关系. 王兴霞,徐磊,王亮根,陈骁,郑媛媛,王雪辉,杜飞雁. 2018

[14]中国青凤蝶3个亚种的遗传变异分析. 杨斯琦,王亚楠,王方方,何娅,靳亚丽. 2017

[15]基于COⅠ基因的新入侵害虫番茄潜叶蛾遗传多样性分析. 马琳,李晓维,郭文超,王树明,王田珍,吕要斌. 2021

[16]基于线粒体COⅠ基因的云南野桑蚕进化分析. 张永红,邵榆岚,苏振国,刘敏,廖鹏飞,李平平,白兴荣. 2020

[17]基于COⅠ基因的龟鳖目动物鉴定与分类进化分析. 叶朝阳,李伟,赵建,陈海港,朱新平. 2019

[18]苹果蠹蛾线粒体DNA COⅠ基因克隆与序列分析. 冯宏祖,王兰,郭文超,曹玉,杨明禄,刘慧敏,许建军. 2012

[19]基于COⅠ基因分析7个罗非鱼群体的遗传变异. 姜冰洁,傅建军,朱文彬,王兰梅,方敏,董在杰. 2019

[20]银鲳3个野生群体线粒体COⅠ基因的序列差异分析. 彭士明,施兆鸿,侯俊利,张浩,赵峰. 2009

作者其他论文 更多>>

微信小程序