基因型填充策略研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 邓天宇

作者： 邓天宇;杜立新;王立贤;赵福平

作者机构：

关键词： 基因型填充;模拟数据;参考群体大小;填充算法;错误率

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2020 年 009 期

页码： 2068-2078

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 基因组数据在畜禽遗传育种中的应用越来越广泛,基因型填充作为基因组数据处理的重要工具,填充结果的好坏直接影响后续分析,为了得到好的填充结果,需要制定完善的填充策略.本研究通过模拟数据探讨参考群体大小、目标群体与参考群体间遗传关系(距离)远近、目标位点数目(比例)、最小等位基因频率以及填充算法等因素对基因型填充效果的影响.结果表明,目标位点数目与填充效果呈显著的正相关(P<0.05),是影响基因型填充准确性的主要因素;参考群体大小是影响Beagle5.1填充错误率的主要因素,目标位点数目是影响Minimac4填充错误率的主要因素;目标群体和参考群体的遗传距离对Beagle5.1填充效果的影响较Minimac4更为显著;一般情况下,最小等位基因频率越高的位点填充错误率越高;在参考群体个体数量少且目标位点数目多的情况下,Minimac4的填充速度优于Beagle5.1,但随参考群体个体数目增加有逆趋势.在保证填充质量的前提下,Beagle5.1对本研究中几种因素的标准要求相对较低.相对地,当目标群体位点数目较低,参考群体个体数目较多时,Beagle5.1的填充效果更好,而Minimac4更适合参考群体个体数目较少,目标群体位点数目较高的填充中.本研究针对不同的填充目的制定了不同策略,为基因型填充标准提供了参考.

分类号： S813

  • 相关文献

[1]稀有变异关联分析研究进展及其在畜禽中的应用展望. 苗健,常天鹏,史新平,夏江威,高会江,李俊雅. 2017

[2]基于基因组和系谱信息的不同选配方案效果模拟研究. 张鹏飞,何俊,王立贤,赵福平. 2022

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