利用混合线性模型和BayesCPi进行QTL-MAS2011公共数据集的全基因组关联分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 朱波

作者： 朱波;吴洋;齐欣;牛红;张静静;王延晖;陈燕;张路培;高会江

作者机构：

关键词： QTL-MAS2011;混合线性模型;贝叶斯模型;全基因组关联分析;单核苷酸多态性

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2014 年 45 卷 05 期

页码： 692-698

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究利用MTDFREML对QTL-MAS2011公共数据集的模拟性状进行方差组分估计,遗传力估计约为0.29。主成分分析显示,群体内不存在显著的群体分层现象,然后用2种模型进行全基因组关联分析研究。利用GAPIT程序包中的混合线性模型对QTL-MAS2011公共数据进行全基因组关联分析,共得到10个显著的单核苷酸(SNP)位点(P<0.05),其中,4个显著的SNPs在1号染色体上,4个显著的SNPs在3号染色体上,2个显著的SNPs在5号染色体上。使用HAPLOVIEW软件对1~3号染色体上88个SNPs进行连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD)分析,确定2个QTLs(QTL1和QTL5)分别在1号和3号染色体上,2、4、5号染色体没有检测到QTL。利用BayesCPi模型进行全基因组关联分析研究,通过基因组窗口效应方差图谱确定1个QTL在1号染色体上,2个QTL在2号染色体上,1个QTL在3号染色体上。

分类号： S813.3

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