红花EST-SSR分子标记开发与初步验证

文献类型： 中文期刊

第一作者： 覃瑞

作者： 覃瑞;陈贤军;湛蔚;向妮艳;刘虹;严兴初;黄稳;覃尔岱;李刚

作者机构：

关键词： 红花;转录组;EST-SSR;多态性;遗传多样性

期刊名称： 西南民族大学学报(自然科学版)

ISSN： 2095-4271

年卷期： 2019 年 02 期

页码： 146-154

摘要： 旨在开发红花EST-SSR标记,为红花分子辅助育种和种质资源评价提供有力工具.先对红花转录组进行测序,选用MISA软件筛选鉴定SSR位点.在云南红花(YH)转录组中,共获得46 016个SSR位点,分布频率为32.09%,平均每3.11 kb有一个SSR.云南红花SSR位点以二,三核苷酸重复基序为主,其优势重复基序分别为AG/CT(44%)和AAG/CTT(24%).SSR位点重复次数相差较大,其中重复为5次比率最高,SSR位点数为9 369(26.63%),其次为6次(8 148, 23.16%).同时,利用Primer3.0进行引物设计,随机筛选27对引物,在60份不同来源红花种质中进行多态性验证,获得12对具有多态性稳定的引物,多态性引物比率为44.4%.结果表明,基于红花转录组序列开发SSR标记是可行的,开发的标记具有稳定扩增性,丰富多态性等优点,开发的SSR标记将有助于红花功能基因挖掘,遗传连锁图谱构建和遗传多样性分析.

分类号： S567.2

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