基于名优谷子品种晋谷21全基因组重测序的分子标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵庆英

作者： 赵庆英;张瑞娟;王瑞良;高建华;韩渊怀;杨致荣;王兴春

作者机构：

关键词： 谷子;晋谷21;InDel;SNP;分子标记;基因组重测序

期刊名称： 作物学报

ISSN： 0496-3490

年卷期： 2018 年 05 期

页码： 686-696

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 小米因其营养丰富日益受到重视,而小米的品质是民众选择小米时最为关注的指标。晋谷21米质优异,但由于缺少基因组信息,严重阻碍了其优异米质形成机制的研究。本研究利用高通量测序技术,对晋谷21全基因组进行重测序,获得了14.95 Gb高质量测序数据。进一步将其与豫谷1号参考基因组比较,发掘了169 037个In Del位点和1 167 555个SNP位点,其中长度在13~50 bp之间适于琼脂糖凝胶电泳检测的In Del位点为14 578个。选择其中1个SNP位点和68个In Del位点验证,表明利用二代测序技术开发的In Del和SNP标记真实可靠。基于名优谷子晋谷21重测序数据开发的In Del和SNP分子标记具有通用性,可用于其他谷子、狗尾草和谷莠子等种质资源的相关研究。同时,开发了一个晋谷21特异的In Del标记2G5501976,利用该标记即可快速鉴定待测材料是否为晋谷21及其衍生品种。本研究初步揭示了晋谷21的基因组特征,不仅为深入解析其优异米质形成的分子机制奠定了基础,而且为相关分子标记辅助育种、遗传分析和基因克隆提供了分子标记资源。

分类号： S515

  • 相关文献

[1]大刍草渐渗系雌穗表型统计及SNP分子标记开发. 曹立超,樊双虎,张春义,陈茹梅. 2014

[2]中外猪种间生长发育相关的差异候选基因筛选. 陶璇,梁艳,杨雪梅,汪勇,杨跃奎,孔繁晶,王言,龚建军,朱康平,卫纪,杨少鹏,吕学斌,顾以韧,何志平. 2024

[3]18个双孢蘑菇核心种质的重测序初步分析. 施肖堃,蔡志欣,郭仲杰,卢园萍,陈美元,廖剑华. 2019

[4]禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1全基因组变异分析. 丁峰,李浩然,王金英,彭宏祥,何新华,黄小雄,李平,钟敏芝,覃燕,张树伟. 2021

[5]基于SNP和InDel标记的余甘子群体遗传分析. 普天磊,金杰,何璐,瞿文林,廖承飞,袁建民,罗会英,赵琼玲. 2023

[6]东北野生大豆核心种质单核苷酸多样性分析. 孟爽,赵洪锟,袁翠平,尹光,刘晓冬,王玉民,董英山,李建东. 2015

[7]基于基因组测序揭示香稻Badh2基因的变异信息. 刘之熙,朱克永,闵军,刘三雄,陈彦成. 2019

[8]基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析. 孙倩,邹枚伶,张辰笈,江思容,Eder Jorge de Oliveira,张圣奎,夏志强,王文泉,李有志. 2021

[9]基于转录组测序的椰心叶甲啮小蜂SSR、SNP和InDel位点分析. 刘华伟,李朝绪,李芬,吕朝军,吴少英,覃伟权. 2021

[10]芝麻SNP和InDel标记遗传多样性、群体结构及连锁不平衡分析. 魏利斌,苗红梅,李春,段迎辉,徐芳芳,张海洋. 2017

[11]水稻航天诱变突变体全基因组测序研究. 蒲志刚,王平,向跃武,蔡平钟,张志雄. 2014

[12]利用分子标记对‘淮稻5号’进行品种真实性鉴定. 顾伟航,田佳琪,朱明超,文正怀,严卫古,王兴龙,张大兵,袁政. 2018

[13]基于SSR、InDel分子标记的红甜菜遗传多样性分析. 刘蕊,刘乃新,吴玉梅,吴则东,兴旺,王秋红. 2019

[14]利用重测序技术开发高粱InDel分子标记. 蒲伟军,谭冰兰,贺丹晨,张盼,李玉斌,朱莉. 2023

[15]玉米功台皂性Insertjon/Deletion(InDel)分子标记的挖掘及其在杂交种纯度鉴定中的应用. 张体付,葛敏,韦玉才,赵涵. 2012

[16]基于InDel分子标记的籼粳杂交稻与粳粳杂交稻的杂种优势比较研究. 桂君梅,王林友,范小娟,祁永斌,张礼霞,范宏环,金庆生,王建军. 2016

[17]利用InDel标记鉴定浙优系列杂交稻籼粳属性和预测杂种优势. 王林友,张礼霞,勾晓霞,范宏环,金庆生,王建军. 2014

[18]InDel标记及其在食用菌研究中的应用与展望. 沈秀芬,章炉军,张美彦,尚晓冬,李玉,于海龙. 2020

[19]番茄粉红色果实相关基因的dCAPS和InDel标记开发与应用. 董淑芳,王孝宣,高建昌,国艳梅,黄泽军,杜永臣. 2016

[20]蜂糖李种质鉴定中孢粉学与InDel标记的应用. 解为玮,徐丹彤,陈方策,宋贞富,钟思玲,敖艳飞,安星,王红林,何业华,郑乾明,刘朝阳. 2024

作者其他论文 更多>>

微信小程序