The alpha-gliadin genes from Brachypodium distachyon L. provide evidence for a significant gap in the current genome assembly
文献类型: 外文期刊
第一作者: Chen, G. X.
作者: Chen, G. X.;Lv, D. W.;Li, W. D.;Subburaj, S.;Yu, Z. T.;Wang, Y. J.;Li, X. H.;Yan, Y. M.;Wang, K.;Ye, X. G.;Ma, Wujun
作者机构:
关键词: Brachypodium distachyon;Triticum-related species;alpha-gliadins;Toxic epitopes;Phylogeny and evolution
期刊名称:FUNCTIONAL & INTEGRATIVE GENOMICS ( 影响因子:3.41; 五年影响因子:3.616 )
ISSN: 1438-793X
年卷期: 2014 年 14 卷 1 期
页码:
收录情况: SCI
摘要: Brachypodium distachyon, is a new model plant for most cereal crops while gliadin is a class of wheat storage proteins related with wheat quality attributes. In the published B. distachyon genome sequence databases, no gliadin gene is found. In the current study, a number of gliadin genes in B. distachyon were isolated, which is contradictory to the results of genome sequencing projects. In our study, the B. distachyon seeds were found to have no gliadin protein expression by gel electrophoresis, reversed-phase high-performance liquid chromatography and Western blotting analysis. However, Southern blotting revealed a presence of more than ten copies of alpha-gliadin coding genes in B. distachyon. By means of AS-PCR amplification, four novel full-ORF alpha-gliadin genes, and 26 pseudogenes with at least one stop codon as well as their promoter regions were cloned and sequenced from different Brachypodium accessions. Sequence analysis revealed a few of single-nucleotide polymorphisms among these genes. Most pseudogenes were resulted from a C to T change, leading to the generation of TAG or TAA in-frame stop codon. To compare both the full-ORFs and the pseudogenes among Triticum and Triticum-related species, their structural characteristics were analyzed. Based on the four T cell stimulatory toxic epitopes and two ployglutamine domains, Aegilops, Triticum, and Brachypodium species were found to be more closely related. The phylogenetic analysis further revealed that B. distachyon was more closely related to Aegilops tauschii, Aegilops umbellulata, and the A or D genome of Triticum aestivum. The alpha-gliadin genes were able to express successfully in E. coli using the functional T-7 promoter. The relative and absolute quantification of the transcripts of alpha-gliadin genes in wheat was much higher than that in B. distachyon. The abundant pseudogenes may affect the transcriptional and/or posttranscriptional level of the alpha-gliadin in B. distachyon.
分类号:
- 相关文献
作者其他论文 更多>>
-
A phase-separated protein hub modulates resistance to Fusarium head blight in wheat
作者:He, Yi;Wang, Yuhua;Dong, Yifan;Zhang, Zhengguang;Li, Gang;He, Yi;Wu, Lei;Jiang, Peng;Zhang, Xu;Yang, Xiujuan;Tucker, Matthew R.;Xia, Xiaobo;Jiang, Cong;Ma, Hongxiang;Ma, Wujun;Liu, Cong;Whitford, Ryan
关键词:
-
Impact of "Green Revolution" gene Rht-B1b on coleoptile length of wheat
作者:Xu, Dengan;Hao, Qianlin;Yang, Tingzhi;Lv, Xinru;Qin, Huimin;Wang, Yalin;Jia, Chenfei;Liu, Wenxing;Dai, Xuehuan;Zeng, Jianbin;Zhang, Hongsheng;Ma, Wujun;He, Zhonghu;Xia, Xianchun;Cao, Shuanghe
关键词:wheat; coleoptile length; Rht-B1b; QTL; transcriptome
-
Global consortium for the classification of fungi and fungus-like taxa
作者:Hyde, K. D.;Dai, D. Q.;Du, T. Y.;Li, Q.;Liu, X. F.;Tibpromma, S.;Wijayawardene, N. N.;Hyde, K. D.;Absalan, S.;Afshari, N.;Amuhenage, T. B.;Apurillo, C. C. S.;Armand, A.;Asghari, R.;Bera, I;Bhunjun, C. S.;Boonmee, S.;Bundhun, D.;Chaharmiri-Dokhaharani, S.;Chen, C.;Chethana, K. W. T.;Du, T. Y.;Gajanayake, A. J.;Gentekaki, E.;Gomdola, D.;Gomes de Farias, A. R.;Gunarathne, A.;He, S.;Huanraluek, N.;Hurdeal, V. G.;Jayawardena, R. S.;Karimi, O.;Khyaju, S.;Lestari, A. S.;Li, C. J. Y.;Li, H.;Li, L.;Li, Y. X.;Liao, C. F.;Linn, M. M.;Lu, L.;Luangharn, T.;Luo, L.;Ma, J.;Madagammana, A. D.;Mapook, A.;Marasinghe, D. S.;Meng, Q. F.;Mukhopadyay, S.;Noorabadi, M. T.;Norphanphoun, C.;Pem, D.;Perera, R. H.;Phonemany, M.;Phukhamsakda, C.;Phutthacharoen, K.;Rathnayaka, A. R.;Samarakoon, B. C.;Seifollahi, E.;Su, H. L.;Sun, Y. R.;Sysouphanthong, P.;Tan, T. H.;Tang, X.;Tavakol, N. M.;Thiyagaraja, V;Thongklang, N.;Walker, A.;Wannasawang, N.;Wijesinghe, S. N.;Wu, N.;Xiong, Y. R.;Xu, R. F.;Xu, R. J.;Yang, H. D.;Yang, J.;Yang, Y. H.;Yasanthika, E.;Yu, F. M.;Zeng, M.;Zhang, F.;Zhang, J. Y.;Zin, H. H.;Hyde, K. D.;Amuhenage, T. B.;Apurillo, C. C. S.;Armand, A.;Asghari, R.;Bhunjun, C. S.;Boonmee, S.;Bundhun, D.;Chen, C.;Chethana, K. W. T.;Gajanayake, A. J.;Gentekaki, E.;Gomdola, D.;Gunarathne, A.;He, S.;Hurdeal, V. G.;Jayawardena, R. S.;Karimi, O.;Khyaju, S.;Lestari, A. S.;Li, C. J. Y.;Li, H.;Li, L.;Li, Y. X.;Liao, C. F.;Linn, M. M.;Liu, X. F.;Luo, L.;Ma, J.;Madagammana, A. D.;Meng, Q. F.;Mukhopadyay, S.;Pem, D.;Phonemany, M.;Phutthacharoen, K.;Samarakoon, B. C.;Su, H. L.;Sun, Y. R.;Tang, X.;Thongklang, N.;Walker, A.;Wu, N.;Xiong, Y. R.;Xu, R. F.;Xu, R. J.;Yang, H. D.;Yang, Y. H.;Yasanthika, E.;Yu, F. M.;Zeng, M.;Zhang, F.;Zhang, J. Y.;Zin, H. H.;Abdel-Wahab, M. A.;Abdollahzadeh, J.;Abeywickrama, P. D.;Yan, J. Y.;Zhang, W.;Absalan, S.;Afshari, N.;de Silva, N., I;Lumyong, S.;Promputtha, I;Tennakoon, D. S.;Ainsworth, A. M.;Kirk, P. M.;Liimatainen, K.;Akulov, O. Y.;Aleoshin, V. V.;Mikhailov, K., V;Aleoshin, V. V.;Mikhailov, K., V;Al-Sadi, A. M.;Thamodini, G. K.;Alvarado, P.;Alves, A.;Amalfi, M.;De Kesel, A.;Ertz, D.;Haelewaters, D.;Amalfi, M.;Ertz, D.;Amira, Y.;Anderson, J. L.;Antonin, V;Aouali, S.;Aptroot, A.;Apurillo, C. C. S.;Araujo, J. P. M.;Ariyawansa, H. A.;Arumugam, E.;Gunaseelan, S.;Kaliyaperumal, M.;Kezo, K.;Murugadoss, R.;Assis, D. M. A.;Barbosa, R. N.;da Silva, D. K. A.;da Silva, G. A.;da Silva, R. M. F.;da Silva Santos, A. C.;de Oliveira, N. T.;Diniz, A. G.;Gibertoni, T. B.;Machado, A. R.;Malosso, E.;Meiras-Ottoni, A.;Melo, R. F. R.;Mendes-Alvarenga, R. L.;Santiago, A. L. C. M. A.;Souza-Motta, C. M.;Tiago, P., V;Vieira, L. C.;Atienza, V;Garrido-Benavent, I;Avasthi, S.;Azevedo, E.;Caeiro, M. F.;Azevedo, E.;Caeiro, M. F.;Bahkali, A. H.;Bhat, D. J.;Jones, E. B. G.;Bakhshi, M.;Zare, R.;Banihashemi, Z.;Bao, D. F.;Luo, Z. L.;Shen, H. W.;Baral, H. O.;Barata, M.;Barata, M.;Barbosa, F. R.;Barreto, R. W.;Thines, M.;Thines, M.;Thines, M.;Belamesiatseva, D. B.;Shabashova, T. G.;Bennett Reuel, M.;dela Cruz, T. E. E.;Bennett Reuel, M.;Bezerra, J. D. P.;Bezerra, J. D. P.;Bezerra, J. L.;Bhat, D. J.;Bianchinotti, M., V;Blaszkowski, J.;Boekhout, T.;Tedersoo, L.;Bonito, G.;Boonyuen, N.;Luangsa-ard, J. J.;Bregant, C.;Linaldeddu, B. T.;Buchanan, P.;Johnston, P. R.;McKenzie, E. H. C.;Burgaud, G.;Jany, J. L.;Burgess, T.;Buyck, B.;Cabarroi-Hernandez, M.;Castro-Jauregui, O.;Cortes-Perez, A.;Guzman-Davalos, L.;Ramirez-Cruz, V;Caceres, M. E. S.;Zhang, J. F.;Cai, L.;Raza, M.;Wei, X. L.;Cai, M. F.;Calabon, M. S.;Calaca, F. J. S.;Calaca, F. J. S.;Callalli, M.;Callalli, M.;Callalli, M.;Camara, M. P. S.;Cano-Lira, J. F.;Cantillo, T.;Cao, B.;He, M. Q.;Liu, F.;Liu, S. L.;Wang, K.;Zhao, R. L.;Zhou, L. W.;Carlavilla, J. R.;Carvalho, A.;Castaneda-Ruiz, R. F.;Castlebury, L.;Catania, M. D., V;Cavalcanti, L. H.;Cazabonne, J.;Cazabonne, J.;Cedeno-Sanchez, M. L.;Chaiwan, N.;Chakraborty, N.;Chaverri, P.;Chaverri, P.;Cheewangkoon, R.;Samarakoon, M. C.;Thiyagaraja, V;Chen, C. Y.;Chen, K. H.;Chen, Q.;Chen, W. H.;Chen, Y. P.;Dissanayake, A. J.;Li, W. L.;Liu, J. K.;Maharachchikumbura, S. S. N.;Tian, Q.;Tian, W. H.;Wu, N.;Yu, X. D.;Yu, Y. X.;Zhang, S. N.;Coleine, C.;Li, C. J. Y.;Selbmann, L.;Conde, T. O.;Corazon-Guivin, M. A.;Corazon-Guivin, M. A.;Costa-Rezende, D. H.;Courtecuisse, R.;Crouch, J. A.;Crous, P. W.;Groenewald, J. Z.;Groenewald, M.;Herandez-Restrepo, M.;Houbraken, J.;Sandoval-Denis, M.;Cui, B. K.;Dai, Y. C.;He, S. H.;Li, Y.;Liu, S.;Liu, Z. B.;Song, C. G.;Sun, Y. F.;Wang, C. G.;Xu, T. M.;Yuan, Y.;Zhang, Q. Y.;Zhang, Y.;Zhao, H.;Zhou, M.;Cui, Y. Y.;Ge, Z-W;He, S.;Li, Y. C.;Luo, L.;Su, H. L.;Wang, X. Y.;Worthy, F. R.;Xu, R. F.;Xu, R. J.;Cui, Y. Y.;Li, Y. C.;Wang, X. Y.;Worthy, F. R.;Wu, G.;da Silva, I. R.;Anderson, J. L.;Fernandes, I;Fryar, S. C.;Damm, U.;Darmostuk, V;Flakus, A.;Janik, P.;Rodriguez-Flakus, P.;Ronikier, A.;Zoha, Daroodi;Das, K.;Das, K.;Davoodian, N.;Davydov, E. A.;Dayarathne, M. C.;Decock, C.;Blondelle, A.;de Groot, M. D.;De Lange, R.;Haelewaters, D.;Santamaria, B.;Schoutteten, N.;Sulistyo, B.;Van Caenegem, W.;de Groot, M. D.;Zamora, J. C.;Karakehian, J. M.;Delgado, G.;Denchev, C. M.;Denchev, T. T.;de Silva, N., I;Tennakoon, D. S.;de Souza, F. A.;Dentinger, B.;Devadatha, B.;Devadatha, B.;Dianese, J. C.;Dima, B.;Dissanayake, L. S.;Dogan, H. H.;Chen, C.;Doilom, M.;Dong, W.;Dong, Z. Y.;Li, H.;Li, Y. X.;Liao, C. F.;Luo, M.;Manawasinghe, I. S.;Xiong, Y. R.;Xu, B.;Yang, Y. H.;Zhang, Y. X.;Dolatabadi, S.;Ma, J.;Nanayakkara, C. M.;Dos Santos, L. A.;Alves-Silva, G.;Drechsler-Santos, E. R.;Dubey, M. K.;Dutta, A. K.;Egidi, E.;Elliott, T. F.;Elshahed, M. S.;Youssef, N. H.;Erdogdu, M.;Etayo, J.;Evans, H. C.;Fan, X. L.;Fan, Y. G.;Fedosova, A. G.;Zhurbenko, M. P.;Fell, J.;Fernandes, I;Fernandes, I;Firmino, A. L.;Fiuza, P. O.;Xu, R.;Fragoso de Souza, C. A.;Frisvad, J. C.;Fryar, S. C.;Gabaldon, T.;Torruella, G.;Gabaldon, T.;Torruella, G.;Gabaldon, T.;Gabaldon, T.;Gannibal, P. B.;Gannibal, P. B.;Garcia, D.;Gene, D. J.;Garcia, D.;Gene, D. J.;Garcia-Sandoval, S. R.;Garcia-Sandoval, S. R.;Senanayake, I. C.;Garzoli, L.;Gautam, A. K.;Wu, H. X.;Ghobad-Nejhad, M.;Giachini, A. J.;Goes-Neto, A.;Galindo, L. J.;Gorjon, S. P.;Goto, B. T.;Granados-Montero, M. M.;Granados-Montero, M. M.;Griffith, G. W.;Grossart, H. P.;Grossart, H. P.;Gueidan, C.;Baschien, C.;Yurkov, A.;Gusmao, L. F. P.;Gutierrez, A. C.;Chen, J.;Haelewaters, D.;Haelewaters, D.;Halling, R.;Halling, R.;Han, Y. F.;Hapuarachchi, K. K.;Zhao, C. L.;Harder, C. B.;Harrington, T. C.;Hattori, T.;Wu, W. P.;Healy, R.;Heredia, G.;Hodge, K. T.;Iturriaga, T.;Holgado-Rojas, M.;Holgado-Rojas, M.;Holgado-Rojas, M.;Hongsanan, S.;Hongsanan, S.;Horak, E.;Horak, E.;Hosoya, T.;Takamatsu, S.;Huang, S. K.;Hur, J. S.;Hustad, V. P.;Iotti, M.;Leonardi, M.;Rossi, W.;Jafar, E.;Xu, R.;Jayalal, R. G. U.;Jayasiri, S. C.;Jayawardena, R. S.;Jeewon, R.;Jeewon, R.;Jin, J.;Zafari, D.;Jones, E. B. G.;Zhang, H.;Justo, A.;Kaishian, P.;Kakishima, M.;Piepenbring, M.;Kang, G. P.;Tan, T. H.;Kang, G. P.;Tan, T. H.;Kang, J. C.;Karpov, S. A.;Karunarathna, S. C.;Kaufmann, M.;Kemler, M.;Kirchmair, M.;Neuhauser, S.;Peintner, U.;Zucconi, L.;Kitaura, M. J.;Klawonn, I;Kolarik, M.;Kong, A.;Kuhar, F.;Kukwa, M.;Kumar, S.;Kusan, I;Matocec, N.;Mesic, A.;Posta, A.;Tkalcec, Z.;Lado, C.;Larsson, K. H.;Larsson, K. H.;Latha, K. P. D.;Leontyev, D. L.;Leontyev, D. L.;Lestari, A. S.;Li, D. W.;Li, H. Y.;Li, L.;Lu, Y. Z.;Ma, J.;Zhang, J. Y.;Li, Q. R.;Wurzbacher, C.;Xiao, Y. P.;Lee, H. B.;Wijayawardene, N. N.;Lim, Y. W.;Lim, Y. W.;Lin, C. G.;Linde, C. C.;Liu, N. G.;Liu, N. G.;Liu, X. Y.;Liu, X. Z.;Wisitrassameewong, K.;Lumbsch, H. T.;Lumyong, S.;Lumyong, S.;White, J. F.;Zeng, N. K.;Madrid, H.;Magurno, F.;Magyar, D.;Mahadevan, N.;Mahadevan, N.;Maharachchikumbura, S. S. N.;Maimaiti, Y.;Raza, M.;Manamgoda, D. S.;Udayanga, D.;Wartchow, F.;Mardones, M.;Cedeno-Sanchez, M. L.;Marin-Felix, Y.;Stadler, M.;Cedeno-Sanchez, M. L.;Marin-Felix, Y.;Stadler, M.;Marquez, R.;Masigol, H.;May, T. W.;Yuan, H. S.;Mendieta, S.;Meng, Q. F.;Menkis, A.;Menolli, N., Jr.;Nascimento, C. C.;Silva-Filho, A. G. S.;Meza Calvo, J. G.;Miller, S. L.;Moncada, B.;Moncada, B.;Moncalvo, J. M.;Moncalvo, J. M.;Monteiro, J. S.;Monteiro, J. S.;Monteiro, M.;Mora-Montes, H. M.;Moreau, P. A.;Mueller, G. M.;Nagy, L. G.;Najafiniya, M.;Nascimento, C. C.;Nei, Y.;Neves, M. A.;Niego, A. G. T.;Nilsson, R. H.;Niskanen, T.;Niveiro, N.;Noordeloos, M. E.;Noordeloos, M. E.;Nunez Otano, N. B.;O'Donnell, R. P.;Oehl, F.;Olariaga, I;Orlando, O. P.;Pang, K. L.;Pang, K. L.;Papp, V;Pawlowska, J.;Pereira, O. L.;Perera, R. H.;Perera, R. H.;Perez-Moreno, J.;Perez-Ortega, S.;Peter, G.;Phillips, A. J. L.;Jeronimo, G. H.;Jesus, A. L.;Pires-Zottarelli, C. L. A.;Poinar, G.;Prieto, M.;Quandt, C. A.;Radek, R.;Rahnama, K.;Raj, K. N. A.;Rajeshkumar, K. C.;Sruthi, O. P.;Rama, T.;Rama, T.;Rambold, G.;Rasconi, S.;Ren, G. C.;Ren, G. C.;Robledo, G. L.;Flakus, A.;Rodriguez-Flakus, P.;Ryberg, M.;Ryvarden, L. R.;Salvador-Montoya, C. A.;Samant, B.;Sanchez-Castro, I;Sanchez-Garcia, M.;Sarma, V. V.;Savchenko, A.;Savchenko, K.;Saxena, R. K.;Scholler, M.;Selbmann, L.;Selcuk, F.;Senanayake, I. C.;Shen, Y. M.;Simmons, D. R.;Singh, R.;Sir, E. B.;Yu, Q.;Stemler, J.;Stemler, J.;Stemler, J.;Stemler, J.;Stephenson, S. L.;Strassert, J. F. H.;Su, L.;Su, L.;Suetrong, S.;Norphanphoun, C.;Sun, Y. R.;Wang, Y.;Zeng, X. Y.;Svantesson, S.;Svantesson, S.;Takamatsu, S.;Tanaka, K.;Tang, A. M. C.;Tang, X.;Wei, D. P.;Tanney, J. B.;Taylor, J. E.;Taylor, P. W. J.;Tedersoo, L.;Zhang, F.;Zhang, J. F.;Thiyagaraja, V;Wanasinghe, D. N.;Tibell, L.;Tibell, S.;Tomsovsky, M.;Toome-Heller, M.;Yakovchenko, L.;Yang, H. D.;Yang, Z. L.;Yu, F. M.;Zeng, M.;Zhao, Q.;Tsurykau, A.;Tsurykau, A.;Untereiner, W. A.;Uzunov, B. A.;Valle, L. G.;Van den Wyngaert, S.;Van Vooren, N.;Velez, P.;Verma, R. K.;Vieira, W. A. S.;Vizzini, A.;Walker, A. K.;Yapa, N.;Joshi, Y.;Wang, S. X.;Wijesundara, D. S. A.;Xu, L. J.;Yu, Z. F.
关键词:classification; nomenclature; scientific criticism; taxonomy
-
Dissecting pleiotropic functions of the wheat Green Revolution gene Rht-B1b in plant morphogenesis and yield formation
作者:Xu, Dengan;Jia, Chenfei;Hao, Qianlin;Ma, Wujun;Xu, Dengan;Bian, Yingjie;Luo, Xumei;Tian, Xiuling;Cao, Qiang;He, Zhonghu;Xia, Xianchun;Cao, Shuanghe;Chen, Wei;Ni, Zhongfu;Fu, Xiangdong
关键词:Triticum aestivum; Green Revolution gene; Functional dissection; Plant architecture; Yield components
-
Diversity of Fungal Communities Associated with Grapevine Trunk Diseases in China
作者:Zhou, Y. Y.;Zhang, W.;Wu, L. N.;Zhang, J.;Tan, H. Y.;Liu, M.;Li, X. H.;Yan, J. Y.;Zhou, Y. Y.;Chethana, K. W. T.;Zhou, Y. Y.;Chethana, K. W. T.;Manawasinghe, I. S.
关键词:diversity; grapevine trunk diseases; morphology; new records; phylogenetic analyses
-
In silico curation of QTL-rich clusters and candidate gene identification for plant height of bread wheat
作者:Xu, Dengan;Jia, Chenfei;Lyu, Xinru;Yang, Tingzhi;Qin, Huimin;Wang, Yalin;Hao, Qianlin;Liu, Wenxing;Dai, Xuehuan;Zeng, Jianbin;Zhang, Hongsheng;Ma, Wujun;Xia, Xianchun;He, Zhonghu;Cao, Shuanghe
关键词:QTL-rich clusters; Plant height; Semi-dwarfism; Reduced height genes; Candidate genes
-
Current Progress and Future Prospect of Wheat Genetics Research towards an Enhanced Nitrogen Use Efficiency
作者:Zhao, Yun;Islam, Shahidul;Zhang, Jingjuan;O'Hara, Graham;Anwar, Masood;Ma, Wujun;Zhao, Yun;Islam, Shahidul;Zhang, Jingjuan;O'Hara, Graham;Anwar, Masood;Ma, Wujun;Zhao, Yun;Islam, Shahidul;Alhabbar, Zaid;Ma, Wujun
关键词:wheat; nitrogen use efficiency; grain yield; grain protein content; QTLs; molecular markers