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椰子ZF-HD基因家族的鉴定及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 孙熹微 1 ; 范海阔 1 ; 弓淑芳 1 ; 刘蕊 1 ; 纠凤凤 1 ; 肖勇 1 ;

作者机构： 1.海南大学热带作物学院;中国热带农业科学院椰子研究所/海南省热带油料作物生物学重点实验室

关键词： ZF-HD基因家族;椰子;生物信息学

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2020 年 02 期

页码： 284-291

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： ZF-HD蛋白是一类只存在于植物体内且含有锌指结构域的转录因子家族,其不仅能够调节植物的生长发育,且在植物响应逆境过程中也起着重要的作用。本研究通过比对已开发的椰子基因组数据,共鉴定出20个椰子ZF-HD蛋白。采用生物信息学的方法,对其基因结构、蛋白理化性质、蛋白质保守结构域、超二级结构、系统进化树及表达谱进行分析。结果显示:椰子ZF-HD蛋白多为碱性蛋白,且主要定位于细胞核、叶绿体及线粒体中。椰子ZF-HD基因家族可分为6个亚族,每个亚家族都具有相似的结构域和超二级结构。motif搜索分析显示,CoMIF亚族只含有锌指结构域保守序列,其他亚族均含有锌指结构域序列与同源异形盒结构域序列。表达谱分析显示,CoZHD18、CoZHD20在测序的各组织中表达较少,其他家族成员在各组织中的表达量具有差异性。

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