文献类型： 中文期刊

作者： 秦桢 ¹ ; 李吉涛 ² ; 李明栋 ² ; 王佳佳 ² ; 葛倩倩 ² ; 刘萍 ² ; 李健 ² ;

作者机构： 1.上海海洋大学

2.中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室

关键词： 脊尾白虾;盐碱水环境;DNA甲基化;差异表达基因

期刊名称： 渔业科学进展

ISSN： 2095-9869

年卷期： 2022 年 43 卷 004 期

页码： 33-50

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探讨盐碱水环境对脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)基因组DNA甲基化的影响,本研究利用MethylRAD-Seq技术探究了长期盐碱水养殖组(SAS)和正常海水养殖对照组(SW)脊尾白虾鳃组织中的DNA甲基化水平,并对关键通路和基因进行了差异表达分析.结果显示,脊尾白虾鳃组织基因组中CG和CWG位点(W=A或T)分别检测到2 347 003和416 176处甲基化,甲基化普遍存在于基因组的基因间区和内含子区域,共筛选到8805个(8189个CG-DMSs和616个CWG-DMSs)差异甲基化位点,盐碱水环境下DNA甲基化水平略有增强.通过KEGG富集分析发现,DMS所在差异表达基因显著富集在HIF-1信号通路和剪接体通路,通路中hif-p、hk和sf3b1等关键基因在脊尾白虾盐碱水环境适应中可能发挥着重要作用;对SW和SAS组差异甲基化基因(DMG)进行筛选,得到158个CG-DMGs和94个CWG-DMGs,其中,富集到脂质代谢和囊泡介导的转运通路中的DMG最多;此外,有一些DNA甲基化位点与基因表达呈负相关,表明DNA甲基化与基因调控之间存在复杂的联系,大部分基因组DNA甲基化对基因表达有正调控效应.本研究结果首次分析了在盐碱水环境下脊尾白虾鳃组织的DNA甲基化水平特征,为解析甲壳类盐碱水环境适应机制提供了基础信息.