您好，欢迎访问河南省农业科学院 机构知识库！
河南省农业科学院机构知识库

全部

  • 全部
  • 标题
  • 学者
  • 机构
  • 关键词

芝麻发育转录组分析

文献类型： 中文期刊

作者： 魏利斌 1 ; 苗红梅 1 ; 张海洋 1 ;

作者机构： 1.河南省农业科学院河南省芝麻研究中心

关键词： 芝麻;发育;转录组测序;生物信息学分析

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2012 年 45 卷 07 期

页码： 1246-1256

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】系统了解芝麻发育及种子形成转录组特征,丰富芝麻转录组数据信息。【方法】选用6份芝麻样品(5个不同芝麻品种的完整植株、1份不同发育阶段的芝麻籽粒),构建转录组测序文库并进行Illumina RNA-seq双端测序及生物信息学分析。【结果】共获得原始数据12.69 Gb,有效数据8.80 Gb。通过de novo拼接获得了长度大于100 bp的转录物26 837条(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/TSA.html,登录号:JP631635—JP668414);转录物总长度18.35 Mb,平均长度683 bp,N50长度1 006 bp。转录物注释结果显示,25 331条转录物序列具有同源比对信息;1 506条转录物序列无匹配(no hits)序列信息,可能为芝麻特有的基因序列。采用COG、GO功能分类工具可将已注释转录物序列划分为24个或42个功能类别,共涉及物质及能量代谢、信号传导、转录调控及防卫反应等诸多生理生化过程。通过比较不同材料间转录物序列及表达水平,初步确定1 277条序列在种子形成过程中表达量下调10倍以上,990条序列仅在芝麻植株中表达而未在籽粒中表达;660条序列在种子形成过程中表达量上调10倍以上,296条序列可能与种子形成特异相关。【结论】利用高通量测序技术对芝麻野生种和不同栽培种现蕾期植株以及种子形成过程的转录组进行研究,揭示了芝麻发育转录组的整体表达特征,在得到大量芝麻转录组unigene序列的同时,获得了一批在芝麻生长发育及籽粒形成过程中有重要功能的基因序列。为深入开展芝麻生长发育、籽粒发育相关基因功能及调控以及芝麻分子标记开发等研究提供了丰富的数据资源。

  • 相关文献

[1]芝麻抗裂蒴基因SiIND1的克隆与原核表达. 刘艳阳,武轲,梅鸿献,杜振伟,崔承齐,江晓林,郑永战. 2020

[2]基于RNA-seq技术的甘蓝型油菜新转录本的鉴定. 徐文,安素妨,王艳,贾琳琳,鲁丹丹,张莹莹,刘建丰,李保全. 2018

[3]去势对淮南公猪背最长肌转录组的影响. 王璟,滑留帅,陈俊峰,张家庆,任巧玲,白红杰,郭红霞,徐照学,邢宝松,白献晓,曹海. 2019

[4]玉米自交系响应花粒期高温胁迫差异表达基因的分析. 李川,乔江方,朱卫红,代书桃,黄璐,张美微,刘京宝. 2019

[5]NEB肥对芝麻矿质元素吸收及与产量相关关系的影响. 高桐梅,卫双玲,张海洋,郑永战,苗红梅,李春明. 2010

[6]几种作物秸秆基质的比较研究. 程志芳,王晋华,赵肖斌,米国全. 2010

[7]芝麻同源四倍体的选育及生物学性状研究. 卫双玲,张海洋,卫文星,张体德,路凤银,焦宏廷. 2004

[8]土壤水分对芝麻品种郑芝98N09光合及生理生化特性的影响. 高桐梅,卫双玲,穆瑞霞,张从永,张海洋,芦海灵. 2013

[9]硼肥对芝麻籽粒性状、芝麻素含量及产量的影响. 卫双玲,高桐梅,汪学德,李春明,张海洋,芦海灵. 2013

[10]不同光源对4种蔬菜幼苗生长发育的影响. 李符,米国全,史艳艳,杨凡,唐艳领,孙天梅,王晋华,李志刚,王文博. 2020

[11]不同保水剂用量对花生发育及氮素积累的影响. 张俊,郝西,朱亚娟,臧秀旺,刘娟,张佳蕾,张曼,崔亚男,汤丰收,董文召. 2020

[12]中华拳王西瓜果实发育规律的研究. 常高正,荆艳彩,徐小利,李晓慧. 2007

[13]钼肥拌种量对旱薄地花生发育及氮素积累的影响. 张俊,郝西,刘娟,臧秀旺,张曼,汤丰收,董文召. 2021

[14]不同光强LED黄光对灰茶尺蠖发育和繁殖的影响. 乔利,张苗苗,巩中军,耿书宝,洪枫,尹健,武予清. 2022

[15]植烟密度对信阳K326烤烟生长发育及品质的影响. 宗胜杰,崔光周,张警予,苏烁,王赐卫,马浩波,万鑫,张斌,刘芳,宋笑龙. 2022

[16]四种杀虫剂亚致死剂量对中黑盲蝽发育和繁殖的影响. 李国平,封洪强,梁双双,邱峰. 2008

[17]铜对食用菌生长发育影响的研究进展. 孔维威,卢娇娇,孔维丽,袁瑞奇,韩玉娥,段亚魁,张玉亭,康源春. 2016

[18]种子辐射处理对芝麻产量及农艺性状的影响. 卫双玲,张体德,卫文星,张海洋,路凤银,梅鸿献. 2000

[19]芝麻新品种豫芝八号的选育. 卫文星,丁法元,卫双玲,张红. 1993

[20]核不育芝麻小孢子败育机理的细胞学研究. 高鸿善,柳家荣,屠礼传. 1992

作者其他论文 更多>>
置顶
购物车
反馈

© 京ICP备09089781号-29 主办单位：河南省农业科学院

学术资源： 中国农业科学院 农业专业知识服务系统 农科联盟资源共建共享平台 中国农业科技文献与信息服务平台 中国农业期刊集成服务平台