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基于转录组的剑麻ARF基因家族的鉴定及表达分析

文献类型： 中文期刊

作者： 鹿志伟 1 ; 侯晓婉 1 ; 杨子平 1 ; 张燕梅 1 ; 李俊峰 1 ; 周文钊 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院南亚热带作物研究所

关键词： 剑麻;ARF;基因家族;转录组

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2019 年 010 期

页码： 1972-1978

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 生长素反应因子(Auxin Response Factors, ARFs)是植物特有的多基因转录因子家族,参与植物生长发育过程的调节.本研究基于转录组数据,通过生物信息学方法鉴定剑麻ARF基因家族成员,同时对其进行相关生物信息学分析.结果表明:在剑麻中共鉴定得到15个ARF基因,并依次命名为AhARF1~15.其编码的蛋白质含有409~1011个氨基酸,分子量约为45.17~112.13 ku,等电点为5.17~9.34.亚细胞定位预测结果显示,13个AhARFs定位于细胞核,2个AhARFs定位于叶绿体.保守结构域分析结果表明,AhARFs基因家族有8个成员同时含有B3、ARF和Aux/IAA这3个相对保守的结构域,其他成员仅含有B3和ARF这2个结构域.进化树分析表明,剑麻AhARFs蛋白可分为5个亚家族.15个剑麻AhARFs基因在剑麻紫色卷叶病不同发病时期呈现不同的表达规律.本研究为进一步深入探索剑麻ARF基因家族的功能奠定了重要理论基础.

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