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黑喉石斛叶绿体基因组特征及比较分析

文献类型： 中文期刊

作者： 杜致辉 1 ; 杨澜 1 ; 张朝君 1 ; 许红娟 1 ; 陈之林 1 ;

作者机构： 1.贵州省园艺研究所

关键词： 黑喉石斛;叶绿体基因组;特征;比较分析

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2021 年 011 期

页码： 3111-3119

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究结合Illumina高通量测序和Nanopore测序技术,对黑喉石斛（Dendrobiumochreatum）的叶绿体基因组（cpDNA）进行测序,组装得到其cpDNA全长序列并绘制结构图谱。黑喉石斛cpDNA全长154 935 bp,注释共得到125个基因,其中有unigenes 103种,包含73种蛋白编码基因,26种tRNA基因和4种rRNA基因。特征分析结果表明:黑喉石斛cpDNA中共存在58个SSR（simplesequencerepeat）位点,大部分为单核苷酸重复和二核苷酸重复类型,碱基组成以A/T碱基类型为主;其偏好的密码子共32个,其中有30个以A/U碱基结尾。以黑喉石斛与其他13种石斛的cpDNA构建系统发育进化树,结果显示,鼓槌石斛（D. chrysotoxum）和梳唇石斛（D. strongylanthum）与黑喉石斛具有较近的亲缘关系,IR/SC边界分析结果也映证了此结论。以黑喉石斛为参照,与3种近缘石斛的cpDNA进行全序列长对比,结果显示,4种石斛的序列变异主要发生在单拷贝区,基因间隔区的变异明显高于基因编码区。

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