文献类型： 中文期刊

作者： 陈黎 ¹ ; 李国勤 ¹ ; 田勇 ¹ ; 沈军达 ¹ ; 陶争荣 ¹ ; 徐坚 ¹ ; 曾涛 ¹ ; 卢立志 ¹ ;

作者机构： 1.浙江省农业科学院畜牧兽医研究所

关键词： 基因表达;可变剪切;单核苷酸多态性;脂肪组织

期刊名称： 浙江农业学报

ISSN： 1004-1524

年卷期： 2016 年 28 卷 05 期

页码： 743-747

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 鸭的基因组序列虽已释放,但其基因组信息,尤其是转录组信息仍需进一步开发。文章利用转录组测序分析了鸭的腹部脂肪组织转录组特征。共获得203 200 984个高质量测序数据,鉴定出18 464个基因表达(RPKM≥1),其中96.9%的基因RPKM值小于1 000。15 070个基因发生了可变剪切,剪切次数为35 913次。统计可变剪切类型发现,内含子保留所占比例最低,占所有可变剪切类型的1.17%,而第一外显子可变剪切、末端外显子可变剪切、外显子跳跃依次是3种比例最高的可变剪切类型,比例分别为45.92%,43.67%和6.23%。此外,利用这批转录组数据共检测出229 276个SNPs,其中转换是最主要的突变类型,占所有SNPs的73.28%。对SNP所在基因进行功能注释(GO)发现,这些基因涉及细胞组分、分子功能、生物学过程3大功能类别中广泛的生物功能,表明该研究开发的SNPs较为全面;通路分析(KEGG)发现,SNPs所在基因除了富集于脂类、能量代谢相关通路,更多的基因则富集于癌症、免疫以及内分泌系统相关的通路上,表明脂肪组织除了是能量储备组织,同时也是重要的免疫、内分泌组织。这些数据拓展了鸭的遗传信息,建立的SNPs数据库将有助于鸭分子标记辅助育种及功能基因定位。与癌症、免疫相关的SNPs可为癌症及免疫学研究提供候选遗传标记。