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油棕SCoT-PCR反应体系的建立与优化

文献类型： 中文期刊

作者： 曾精 1 ; 黄成龙 2 ; 王冰洁 3 ; 潘登浪 1 ; 曾宪海 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院橡胶研究所

2.中国热带农业科学院

3.中国热带农业科学院环境与植物保护研究所

关键词： 油棕;SCoT-PCR;正交设计;单因素实验;体系验证

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2024 年 22 卷 021 期

页码： 7067-7075

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为获得油棕SCoT-PCR反应的最佳反应体系以及筛选适用于该体系的SCoT引物，本研究首先通过利用L16（45）正交设计试验和单因素实验2种方法，对反应体系中的各因子进行优化，并在此基础上确定最优退火温度和循环数。结果表明，各因子对SCoT-PCR扩增影响大小依次为：dNTPs浓度>Mg2+浓度>DNA模板量>Taq DNA聚合酶量>引物浓度；最佳反应体系（25μL）为：DNA模板量为120 ng,dNTPs浓度为0.2 mmol/L,Mg2+浓度为1.5 mmol/L，引物浓度为0.6μmol/L,Taq DNA聚合酶量为2.0 U，其余用灭菌ddH2O补足至25μL。最优扩增程序为：95℃预变性3 min;95℃变性30 s,55℃退火复性30 s,72℃延伸1 min,30个循环；最终72℃延伸5 min，保存于4℃恒温冰箱中。此外，利用优化体系从36条SCoT引物中筛选出30条可从油棕中扩增条带清晰的引物。使用SCoT-2等3条引物对30份油棕材料进行扩增，扩增产物均具有良好的多态性、可靠性和稳定性。本研究结果为油棕种质资源鉴定、遗传多样性分析以及品种遗传图谱构建等提供理论依据。

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