文献类型： 中文期刊

作者： 李超 ¹ ; 侯吉伦 ² ; 王桂兴 ² ; 张晓彦 ² ; 刘永富 ¹ ; 童爱萍 ¹ ; 刘海金 ³ ;

作者机构： 1.上海海洋大学水产与生命学院

2.中国水产科学研究院北戴河中心实验站

3.中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心

关键词： 牙鲆;转录组测序;SSR标记

期刊名称： 海洋渔业

ISSN： 1004-2490

年卷期： 2015 年 37 卷 02 期

页码： 122-127

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过对牙鲆(Paralichthys olivaceus)进行转录组测序(RNA-seq),利用Micro SAtellite(MISA)软件对1~6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定。结果表明,牙鲆转录组水平上,共发现42 183个SSR位点,分布在26 457条Unigene上,发生频率为27.12%,平均密度为339个/Mbp。获得的SSR一共有216种重复基元,其中二核苷酸重复基元类型数量最多,共有17 570个,占所鉴定SSR总数的41.65%。同时用SPSS statistics 20.0软件对牙鲆转录组SSR的多态性进行了评估。