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利用玉米高通量RNA-Seq数据预测长链非编码RNA(LncRNA)

文献类型： 中文期刊

作者： 吕远大 1 ; 李坦 1 ; 张晓林 1 ; 赵涵 1 ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院农业生物技术研究所

关键词： 长链非编码RNA(LncRNA);高通量RNA测序;生物信息学;玉米

期刊名称： 江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2013 年 29 卷 06 期

页码： 1248-1253

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)是指不具备编码蛋白质能力的RNA。其中,一类长度大于200 nt的长链非编码RNA(Long noncoding RNA,LncRNA)因其在多层面对基因表达存在调控作用而逐渐成为研究热点。但是由于缺乏有效、准确的预测手段,植物中LncRNA研究相对滞后。本研究结合植物基因组特点以及高通量RNA测序数据,通过生物信息学手段发展、优化了一套基于RNA-Seq数据的植物LncRNA筛选及鉴定方法。随后,利用玉米B73顶端分生组织RNA-Seq数据,预测了6 122条玉米LncRNA,并对其进行了全基因组物理定位。该方法为LncRNA鉴定和后续的功能分析提供了重要的基础。

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