文献类型： 中文期刊

作者： 史东杰 ¹ ; 胡金有 ² ; 朱华 ¹ ; 张欣 ¹ ; 李荣妮 ¹ ; 孙砚胜 ¹ ;

作者机构： 1.北京市水产科学研究所暨国家淡水渔业工程技术研究中心

2.中国农业大学

关键词： 基因组重测序;锦鲤;体色基因;候选基因

期刊名称： 江苏农业科学

ISSN： 1002-1302

年卷期： 2019 年 47 卷 016 期

页码： 52-56

收录情况： 北大核心

摘要： 为了获得红白锦鲤的基因组信息,筛选与其肤色相关的基因,采用Illumina高通量测序技术对红白锦鲤皮肤组织的基因组进行测序,获得127.23 Gb clean data,Q20碱基比例在95.59%及以上,Q30碱基比例在90.81%及以上,GC含量为37.32% ~ 42.38%,测序错误率为0.07.与鲤鱼基因组序列进行比对的结果显示,比对效率为96.35%.研究共鉴定了1 048 576个SNPs(单核苷酸多态性),其中3.12百万~5.40百万个SNPs位于短reads比对不到的区域,其中变异位点位于外显子区域的有579 778个SNPs.SNP位点分布于锦鲤的50条染色体上,不包含scaffold(染色体骨架).经ANNOVAR软件进行功能注释,纯合类型的SNPs数量是574 310个,杂合类型的SNPs数量是474 265个.SNPs位于基因间的数量最多,SNPs位于基因内的外显子区域的多态性最高.通过对8个重要候选基因注释的理解,发现微管蛋白LOC109046532、LOC109049213这2个基因与色素颗粒运输有关.其中基因LOC109046532含有突变,而另1个基因LOC109049213则不含有任何突变.8个候选基因都含有外显子SNP位点,但是没有发现终止密码子突变.