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杨梅全基因组测序结果初报

文献类型： 中文期刊

作者： 戚行江 1 ; 任海英 1 ; 梁森苗 1 ; 郑锡良 1 ; 吴阳春 1 ;

作者机构： 1.浙江省农业科学院园艺研究所

关键词： 杨梅;全基因组测序;基因组特征评估

期刊名称： 浙江农业科学

ISSN： 0528-9017

年卷期： 2015 年 56 卷 10 期

页码： 1564-1566

摘要： 杨梅(Myrica rubra Sieb.et Zucc.)是我国南方著名的特产珍果,为促进杨梅分子育种及功能基因研究,对杨梅进行了全基因组测序。采用Illumina Hiseq 2500双端测序策略,构建了200 bp文库,进行双端125 bp(PE 125)测序,得到约13.70 Gb的原始数据。数据评估得知杨梅基因组大小约为304.38 Mb,重复序列含量约为45.82%,杂合率约为0.58%,基因组的GC含量约37.99%。利用SOAPdenovo软件进行了拼接组装。这一结果有助于开展杨梅后续的分子育种及基因功能研究。

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