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巨桉miRNA及其靶基因生物信息学预测

文献类型： 中文期刊

作者： 李崇奇 1 ; 沈文涛 1 ; 言普 2 ; 黎小瑛 2 ; 周鹏 1 ;

作者机构： 1.海南大学农学院

2.中国热带农业科学院热带生物技术研究所/分析测试中心

关键词： 巨桉;miRNA;木质形成;基因组序列;转录因子

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2014 年 45 卷 09 期

页码： 12-18

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】识别并筛选与巨桉木质形成相关的miRNA基因,为开展巨桉遗传品质改良奠定基础。【方法】将mirBase数据库中所有植物的3228条miRNA序列提交到psRobot网站进行茎环结构预测,然后应用BLAST-2.2.27+软件与rfam和pfam数据库比对后去除非miRNA序列,应用Bioedit分析miRNA序列及前体序列的碱基组成特点。【结果】共预测获得341条miRNA前体序列和129条成熟的miRNA序列,属于28个不同miRNA家族。预测的巨桉miRNA长度为18~23 bp。其中长度为21个碱基的miRNA数量最多,达76个,miRNA前体长度为71~221 bp,平均长度为123 bp。巨桉miRNA序列和其侧翼序列均存在碱基偏倚现象,5'端第1碱基尿嘧啶出现的频率高达62.8%,第19碱基以胞嘧啶出现的频率最高,miRNA下游侧翼序列第1碱基G出现的频率仅为9.1%。靶基因预测发现,与木质形成相关的miRNA有41个,其中34个调节与木质形成相关的转录因子,主要调控ARF、HD-ZIPIII、KAN、MYB和NAC;10个调节与木质形成相关的酶,主要调控肉桂酰CoA还原酶、肉桂醇脱氢酶、纤维素合成酶、过氧化物酶和漆酶。【结论】巨桉中存在41个与木质形成相关的miRNA基因,可应用于巨桉遗传品质的改良研究。

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