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油橄榄(Olea europaea L.)核心SNP位点筛选与评价

文献类型： 中文期刊

作者： 朱申龙 1 ; 牛二利 1 ; 王伟 1 ; 施爱农 1 ;

作者机构： 1.浙江省农业科学院作物与核技术利用研究所

关键词： 油橄榄(Olea europaea);GBS-SNP;核心位点;品种鉴定

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2020 年 005 期

页码： 1548-1557

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究基于前期对57份油橄榄种质资源的全基因组GBS-SNP分型结果开展核心SNP位点的筛选.统计分析73 482个GPS-SNP位点发现,有68 030个(92.58%) SNP位点的检出率达到100%,33 979个(46.2%)位点的最小等位基因频率≥0.2,29 647个(40.35%)位点的杂合率为0,其中同时符合上述3个条件(检出率=100%,最小等位基因频率≥0.2,杂合率=0)的位点有14 125个(19.2%),其位置覆盖全基因组,既分布于基因区也位于基因间区,与73 482个SNP位点的分布高度一致(R=0.997),多态信息量平均为0.43(0.33~0.67).进一步以14 125个SNP位点信息为依据,计算57个油橄榄品种间的遗传距离,并与基于全部位点(73 482个SNPs)信息获得的对应品种间的遗传距离作比较,结果显示两者呈极显著的相关性(R=0.9),表明这些SNP位点具有多态性好、代表性广、可靠性高的特点,可作为油橄榄的核心SNP位点,适用于油橄榄品种鉴定、种质评价、基因定位和分子辅助育种.本研究对核心SNP位点在油橄榄品种鉴定中的具体应用进行了探讨,并指出至少需要11个核心SNP位点组合才能实现对57个油橄榄品种的完全区分.

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