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中泰南五味子转录组测序及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李静宇 1 ; 徐友阳 1 ; 蔡时可 1 ; 王继华 1 ;

作者机构： 1.广东省农作物遗传改良重点实验室广东省农业科学院作物研究所;广东省道地南药资源保护与利用工程中心;广东清远和记黄埔有限公司

关键词： 中泰南五味子;转录组;生物信息学;高通量测序;Unigene;功能注释;简单序列重复(SSR)

期刊名称： 广州中医药大学学报

ISSN： 1007-3213

年卷期： 2022 年 10 期

页码： 2387-2393

摘要： 【目的】利用高通量测序技术获得中泰南五味子的转录组信息。【方法】中泰南五味子叶片总RNA经过提取、建库、测序、de novo组装，获得Unigene序列，再进行注释和比对，得到中泰南五味子转录组的遗传信息。【结果】共获得29 915条Unigene，平均长度为1 033 bp,N50为1 554 bp。共有22 359条Unigene在至少1个数据库中获得功能注释，中泰南五味子与荷花Nelumbo nucifera的序列相似度最高。在京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库中共有14 284个Unigene得到注释；在基因本体论（GO）数据库中共有18 084条中泰南五味子Unigene获得注释，包括ATP结合、膜的组成成分和生物过程等。此外，采用MISA对组装的1 000 bp以上的10 747条Unigene进行简单序列重复（SSR）检测，共鉴定到6 363个SSR位点，并使用Primer 3.0设计引物。【结论】获得的转录组数据为中泰南五味子的药用活性成分合成通路和功能基因的挖掘奠定了基础，也有利于其资源保护和开发利用。

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