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杨梅基因组SSR引物的开发与应用

文献类型： 中文期刊

作者： 张淑文 1 ; 梁森苗 1 ; 郑锡良 1 ; 任海英 1 ; 朱婷婷 1 ; 戚行江 1 ;

作者机构： 1.浙江省农业科学院园艺研究所;浙江省农业科学院农业农村部创意农业重点实验室

关键词： 杨梅;基因组;SSR

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2019 年 01 期

页码： 149-156

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 基于杨梅(Myrica rubar Sieb. et Zucc.)基因组序列信息,研究了1 431条scaffold中SSR位点的分布特点。共发掘到二至六核苷酸SSR位点43842个,分布在623条scaffold中,共有194种重复单元。二核苷酸SSR位点有36 383个,占总SSR的82.99%;AG/CT的出现频率最高,为55.70%,占总SSR位点的46.23%。三核苷酸SSR位点有6 115个,占总SSR的13.95%。四核苷酸SSR位点有827个,占1.89%。五核苷酸SSR位点为245个,占0.56%。六核苷酸SSR位点为272个,占0.62%。设计合成了59对基因组SSR引物,多态性分析显示,高度多态性引物26对,中度多态性引物为33对;将其应用于杨梅优株早鲜856及其他13个主栽品种的聚类分析,结果表明,上述引物在相似系数0.56处将14份杨梅材料分为两个群体,早鲜856与其他13个主栽品种在DNA水平上均存在差异,且与对照品种‘早色’的相似系数为0.86。

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