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mRNA序列与相应UTR中内含子序列的相互作用

文献类型： 中文期刊

作者： 张强 1 ; 赵小庆 2 ; 薄素玲 3 ; 曹艳娟 1 ; 苏文霞 1 ;

作者机构： 1.内蒙古农业大学理学院

2.内蒙古自治区农牧业科学院

3.内蒙古医科大学计算机信息学院

关键词： mRNA;内含子;局域比对;最佳匹配片段;G+C含量

期刊名称： 内蒙古大学学报(自然科学)

ISSN： 1000-1638

年卷期： 2020 年 004 期

页码： 384-391

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： UTR区中的内含子对基因的表达调控过程发挥着重要的作用,它通过与相应mRNA的序列匹配方式发生相互作用并实现对基因的表达调控.采用Smith-Waterman算法进行局域比对,获得UTR区中的内含子与相应mRNA序列之间的最佳匹配片段.分析6个物种mRNA序列上最佳匹配片段的序列特征及匹配频率的分布规律,并分析这种相互作用分布的普适性.结果发现:最佳匹配片段的配对率和平均长度分布与siRNA和miRNA的结合特征一致; UTR区中的内含子与相应mRNA序列上的UTR序列存在较强的相互作用,低GC片段倾向与3′UTR区作用,而高GC片段倾向结合到5′UTR区.结论表明最佳匹配片段的序列特征符合RNA-RNA相互作用的一般规律,内含子序列应该是一类调控基因表达的功能片段.UTR区中的内含子与mRNA序列是协同进化的,通过相互作用完成应有的功能.

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[4]牛GDF-9基因的克隆与组织表达的分析. 田蕾,刘永斌,王峰,田春英,刘美霞,达赖,祁云霞,董文杰,荣威恒,孙洪深. 2007

[5]瘤胃保护性精氨酸及N-氨甲酰谷氨酸对细毛羊断奶羔羊肠道碱性氨基酸转运蛋白mRNA表达量的影响. 桑丹,孙海洲,赵存发,赵宏丽,付绍印,李胜利,张春华,张俊芳. 2014

[6]Dissecting the biological relationship between TCGA miRNA and mRNA sequencing data using MMiRNA-Viewer. Bai, Yongsheng,Ding, Lizhong,Rath, Ethan,Stuart, Gary,Bai, Yongsheng,Stuart, Gary,Baker, Steve,Jiang, Feng,Bai, Jenny M.,Wu, Jianghong,Jiang, Hui. 2016

[7]The evolution mechanism of intron length. Zhang, Qiang,Li, Hong,Zheng, Yan,Meng, Hu,Jia, Yun,Bo, Su-ling,Zhao, Xiao-qing,Xue, Hui.

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