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O型口蹄疫病毒VP1基因区序列系统发育树分型

文献类型： 中文期刊

作者： 相磊 1 ; 章振华 2 ; 胡国良 1 ; 陈小玲 2 ; 梁之昶 3 ; 徐福洲 2 ; 石岗 2 ;

作者机构： 1.江西农业大学动物科技学院

2.北京市农林科学院畜牧兽医研究所

3.新疆农业大学动物科技学院

关键词： O型口蹄疫病毒;基因型/拓扑型;系统发育树;VP1基因

期刊名称： 动物医学进展

ISSN： 1007-5038

年卷期： 2007 年 28 卷 03 期

页码： 12-17

摘要： 从GenBank和世界口蹄疫参考实验室基因库(WRLFMD)下载O型FMDV全VP1序列共210条,其中23条为已知基因型序列,其他为未知基因型序列。利用分子生物学软件DNA Star中的Clust-alW和Tree View工具,以已知基因型的VP1区序列构建系统发育树,验证分型结果与已知基因型是否一致。然后以已知基因型序列作为参照,将未知基因型序列与已知基因型序列一起构建系统发育树,以已知基因型序列在系统发育树中所处的位置,来判断未知基因型序列的归属,从而明确它们归属于何种基因型。结果表明,采用此种分型方法获得Cathay型74条、SEA型24条、EA型4条、WA型4条、Euro-SA型21条、ME-SA型68条、ISA-1型3条、ISA-2型2条,未能分型序列10条。

  • 相关文献

[1]三株口蹄疫病毒的克隆和基因型鉴定. 相磊,梁之昶,章振华,王学文,胡国良,徐福洲,石岗,陈小玲. 2007

[2]灵芝的分子生物学鉴定. 杨涛,刘宇,周均亮,赵爽,李华敏,宋爽,荣成博. 2018

[3]口蹄疫病毒分型诊断芯片探针设计初报. 相磊,陈小玲,李伍举,梁之昶,章振华,王学文,胡国良,徐福洲,石岗. 2008

[4]O型口蹄疫病毒VP1基因的克隆及原核表达载体构建. 凌连军,张培君,李永清,龚玉梅. 2006

[5]鸡贫血病毒VP1基因的克隆及其在大肠杆菌中的表达. 黄冬艳,杨兵,齐欣,陈小玲,徐福洲. 2006

[6]大白菜黄萎病病原菌的分离鉴定及系统发育树的构建. 韩瑞娟,耿丽华,汪维红,于拴仓,朱月林,张凤兰,余阳俊,赵岫云,张德双. 2011

[7]鸡C亚型禽偏肺病毒的分离和鉴定. 韦莉,全荣,朱珊珊,阎旭,王菁,张春燕,刘爵. 2014

[8]口蹄疫分型诊断芯片探针设计初报. 相磊,北京市农林科学院畜牧兽医研究所,陈小玲,李伍举,梁之昶,章振华,胡国良,徐福洲,石岗. 2007

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