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芒果果实bHLH家族转录因子的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 郑斌 1 ; 文定青 1 ; 武红霞 1 ; 邹明宏 1 ; 刘恒 1 ; 王松标 1 ; 赵巧丽 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/国家热带果树种质资源圃/农业农村部热带果树生物学重点实验室

关键词： 芒果;bHLH家族;转录因子;生物信息学

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2019 年 02 期

页码： 289-299

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： bHLH家族作为植物中较大的转录因子家族之一,在真核生物生长发育调控中具有重要作用。本研究基于芒果果实转录组数据,利用生物信息学方法鉴定出87个bHLH家族蛋白,其中酸性蛋白所占比例较大,大部分为不稳定蛋白,且均为不含信号肽的亲水性蛋白,除CL10714.Contig1为膜结合转录因子外,其余均不含跨膜结构。芒果bHLH蛋白结构域有多个氨基酸位点保守性较高,87个芒果bHLH蛋白中73个(83.91%)具有E-box结合功能。GO分析发现芒果bHLH蛋白共注释到生物学过程、细胞组分和分子功能3大类功能的17个亚类。进化树分析发现芒果bHLH蛋白与拟南芥有较高的保守性,并基于进化树对部分bHLH蛋白的功能进行了预测。本研究结果将为下一步芒果bHLH蛋白的功能研究奠定基础。

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