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基于全基因组的芽孢杆菌平均核苷酸同源性(ANI)分析

文献类型： 中文期刊

作者： 刘波 1 ; 胡桂萍 1 ; 唐唯其 1 ;

作者机构： 1.福建省农业科学院农业生物资源研究所

关键词： 芽孢杆菌;系统发育;平均核苷酸同源性;Jspecies

期刊名称： 福建农业学报

ISSN： 1008-0384

年卷期： 2013 年 09 期

页码： 833-843

摘要： 采用Jspecies软件分析芽孢杆菌全基因组之间平均核苷酸同源性(ANI)的特征性。结果表明,芽孢杆菌属间、种间及亚种间两两菌株间ANI与其分类地位相关,具有明显属种特异性,其中芽孢杆菌科不同属之间的ANI值分布于50%～65%;芽孢杆菌种间ANI值均低于95%,分布范围为65%～90%,加权平均数为70.12%,其中90%的ANI值低于70%;芽孢杆菌亚种间ANI值分布主要范围为90%～96%,占90%。因此,芽胞杆菌属间的ANI鉴定标准建议定为50%～65%,芽胞杆菌种间的ANI鉴定标准建议定为65%～90%,芽胞杆菌亚种间的ANI鉴定标准建议定为90%～96%。同时,基因组中的四核苷酸(Tetra)回归系数与ANI值具有相关性,表现明显属种特征性,回归拟合显示两者呈现一元二次方程关系,y=271-573.58x+399.65x2(R2=0.981 2),同时高于70%的ANI值与相应的Tetra回归系数呈线性正相关,方程式为y=178.58x-81.521(R2=0.876 7)。

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