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两种PCR快速检测转基因糜子中外源基因的插入拷贝数

文献类型： 中文期刊

作者： 董晓静 1 ; 夏启玉 1 ; 降彦苗 2 ; 刘国庆 2 ; 程汝宏 2 ; 赵辉 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院三亚研究院/中国热带农业科学院热带生物技术研究所/海南省南繁生物安全与分子育种重点实验室

2.河北农林科学院谷子研究所

关键词： 转基因糜子;外源基因;插入拷贝数;数字PCR;荧光定量PCR

期刊名称： 热带农业科学

ISSN： 1009-2196

年卷期： 2025 年 45 卷 002 期

页码： 55-63

摘要： 近年来，糜子（Panicum miliaceum L.）的转基因育种研究越来越多，本研究旨在建立简单快速检测转基因糜子中外源基因插入拷贝数的方法。从糜子基因组中筛选了一个单拷贝基因SD1，并以其为内参基因，以潮霉素抗性基因（Hyg）为外源基因，建立了数字PCR检测转基因糜子中外源基因插入拷贝数的方法。并以数字PCR鉴定的一个双拷贝样品为参照样本，建立了荧光定量PCR检测转基因糜子中外源基因插入拷贝数的方法。生物信息学分析表明，SD1为单拷贝基因，可作为转基因糜子中外源基因插入拷贝数检测的内参基因。数字PCR法检测的转基因糜子样品中，9份样品均为单拷贝或双拷贝插入；荧光定量PCR法检测的转基因糜子样品中，10份样品为单拷贝或双拷贝插入，其余13份样品均为多拷贝插入；对其中的4份低拷贝样品也进行了数字PCR检测，结果与荧光定量PCR法的检测结果完全一致，表明荧光定量PCR法检测转基因糜子中外源基因低拷贝时的准确度较高。本研究建立的数字PCR法简单快速，准确度高，适合在样品数量较少时使用，而荧光定量PCR法检测低拷贝插入时准确度较高，且成本低廉，适合从大量转基因株系中初筛出的低拷贝插入株系。这2种方法均可简单快速地检测糜子转基因育种中外源基因插入拷贝数。

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