文献类型： 中文期刊

作者： 付文婷 ¹ ; 吴迪 ¹ ; 王楠艺 ¹ ; 凃祥敏 ¹ ; 黄冬福 ¹ ; 杨万荣 ¹ ; 何建文 ¹ ;

作者机构： 1.贵州省农业科学院辣椒研究所

关键词： 黄灯笼辣椒;叶绿体基因组;简单重复序列;密码子偏好性;系统发育

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2025 年 38 卷 003 期

页码： 498-506

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】解析黄灯笼辣椒叶绿体全基因组序列,为该物种鉴定和遗传多样性及新品种选育与利用提供理论依据。【方法】采用高通量测序技术对黄灯笼辣椒(Capsicum chinense Jacq.)的叶绿体(Chloroplast,cp)基因组进行测序、组装和注释,并与来源NCBI网站的15个辣椒属和5个番茄、马铃薯、枸杞、龙葵及烟草近似物种的叶绿体基因组序列进行系统发育分析,研究黄灯笼辣椒叶绿体基因组特征。【结果】黄灯笼辣椒叶绿体基因组长度为157 145 bp,GC和AT含量分别是37.7%和62.3%,具有典型的四分体结构,基因组注释得到132个基因,包含87个编码蛋白质基因,37个编码tRNA和8个编码rRNA基因。黄灯笼辣椒cpDNA密码子偏爱以A/U结尾,编码亮氨酸的密码子数量最多(2454个),占总密码子数的10.67%,编码半胱氨酸的数量最少(255个),占1.11%;鉴定出112个简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR),发现黄灯笼SSR偏好使用A和T碱基,其中单核苷酸重复占比最高,达63.39%。黄灯笼辣椒与13个辣椒属的叶绿体基因组反向重复(Inverted repeat,IR)边界区域相当保守,黄灯笼辣椒与其他13个辣椒属均有2个基因位于IR区边界处,分别是JLB的rps19和JSA的ycf1,无明显的扩张或收缩;系统发育分析表明,黄灯笼辣椒与下垂辣椒的2个变种C.baccatum var.praetermissum和C.baccatum var. pendulum亲缘关系最近。【结论】本研究探明了黄灯笼辣椒叶绿体基因结构特征,揭示了其与其他茄科近缘种植物系统发育关系,为进一步深入研究黄灯笼辣椒种质资源保护、杂交育种与开发利用及开展辣椒属的进化、物种鉴定和遗传多样性研究奠定了理论基础。