文献类型： 中文期刊

作者： 杨锦毅 ¹ ; 晏铭英 ¹ ; 高雷 ¹ ; 段辛斌 ¹ ; 刘明典 ¹ ; 陈大庆 ¹ ; 汪登强 ¹ ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院长江水产研究所

关键词： 鱼类;环境DNA;宏条形码;种间差异阈值;长江

期刊名称： 水产学报

ISSN： 1000-0615

年卷期： 2025 年 49 卷 011 期

页码： 162-173

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]为使水体中环境DNA(eDNA)在长江流域鱼类物种多样性研究中有更高的可参考性. [方法]参考《长江鱼类名录》从公共数据库mitofish与NCBI中下载了 320种长江鱼类DNA序列,从中截取了 3种基因片段(12SRNA、16S RNA、COI)中的 5 种常用 eDNA 宏条形码(12S-AcDBM07、12S-Mifish-U、12S-Tele02、16S-Ac16s、COI-PS1)进行遗传距离计算,在不同种间差异阈值(0.03、0.02、0.01)下进行比对分析.得到不同种间差异阈值下常用eDNA宏条形码对长江鱼类的识别情况,探讨eDNA宏条形码在长江鱼类多样性研究中的应用条件. [结果]在种间差异阈值为0.03、0.02、0.01时,分别有137、108、56种鱼类无法通过本研究中选择的5种常用eDNA宏条形码识别;其中蛋白质编码基因(COI-PS1)对鱼类的识别率最高,在不同种间差异阈值(0.03、0.02、0.01)下分别达到 53.44%、60.63%、72.50%;12S-Tele02与12S-Mifish-U对长江鱼类识别种类上的重叠度最大,在不同种间差异阈值(0.03、0.02、0.01)下,重叠度分别达到98.54%、100%、91.11%.当选择2种eDNA宏条形码组合识别鱼类时,"12S-Tele02"&"COI-PS1"的组合在0.03、0.02和0.01的种间差异阈值下均识别了最多的种类,分别为180、206、257种,与同时使用5种eDNA宏条形码的组合相比分别相差3、6、7种. [结论]将eDNA技术应用于长江鱼类多样性研究中需要充分考虑种间差异阈值的选择与近缘物种识别的关系,以防止OTU注释出现假阳性情况.在利用eDNA技术进行物种多样性监测时对于难以识别但保护价值较高的物种,可以有针对性地设计引物进行监测.本研究将为后期基于eDNA宏条形码技术的长江鱼类多样性调查以及相关研究提供基础参考资料.