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基于简化基因组测序的树莓(Rubus corchorifolius)遗传分析

文献类型： 中文期刊

作者： 杨光 1 ; 孙兰英 1 ; 段亚东 1 ; 周双 1 ; 张鹍 1 ; 宋鹏慧 1 ;

作者机构： 1.黑龙江省农业科学院浆果研究所

关键词： 树莓(Rubus corchorifolius);简化基因组;测序;遗传分析

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2019 年 22 期

页码： 7338-7343

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了比较不同树莓种间的亲缘关系远近,分析群体的遗传进化关系,开发特异性SNP标记。本试验选用23份栽培种树莓利用简化基因组测序技术SLAF-seq测序,以黑树莓(Rubus occidentalis)基因组为参考基因组进行酶切预测,对照选择粳稻(Oryza sativa spp. japonica)品种日本晴的测序数据进行比对分析。本研究共获得59.93 Mb的读长数据,读长范围在1 960 847～5 046 748之间,对照数据的双端比对效率为95.60%,酶切效率为93.52%,测序质量值Q30平均为95.07%,所有样品GC含量均值为39.16%,共获得425 402个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签共有121 610个。获得749 811个有效单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNP),利用这些SNP对23份树莓材料完成系统进化树,群体的PCA分析,从群体结构分析结果发现这23份树莓都来源于同一祖先,只是在生长发育过程中发生了遗传分化。

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