文献类型： 中文期刊

作者： 焦兵阳 ¹ ; 魏尊苗 ² ; 弥震 ¹ ; 才照玄 ¹ ; 闫帆 ¹ ; 刘雅婧 ¹ ; 李景文 ¹ ; 王庆钰 ¹ ; 牟忠生 ² ; 王英 ¹ ;

作者机构： 1.吉林大学植物科学学院

2.吉林省农业科学院经济植物研究所

关键词： 油莎豆;全长转录组;功能注释;油脂代谢通路

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2024 年 016 期

页码： 5286-5296

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 油莎豆(Cyperus esculentus)是一种开发潜力大、综合利用价值高的新兴经济作物，其块茎油分含量最高可达38.70%。为了获取其块茎中油脂合成遗传信息，试验采集4个不同发育时期的油莎豆块茎样品，采用第三代PacBio测序平台对样品进行全长转录组测序，原始数据经聚类、纠错和去冗余，最终获得的高质量序列87 061条，预测分析84 394个ORF,11 224条lncRNA,31 995条转录因子以及9 165个SSR位点。将筛选预测为有功能的23 408条高质量转录本在blastx、NR、KOG、GO、KEGG、Pfam等数据库进行功能注释分析，获得19 287条(82.39%)序列功能注释信息。NR数据库比对结果显示，油莎豆与油棕(Elaeis guineensis)的相似度最高(21.69%);GO功能分析将获得GO注释的unigenes划分为生物过程、分子功能和细胞成分3大类55子类；KOG数据库分析获得25个功能簇；KEGG注释将转录组中涉及的基因注释到6大类共188条代谢通路中。根据注释到的油脂合成功能基因序列构建出油莎豆脂肪酸合成代谢通路，并发掘到了FATA、GPAT、PDAT和DGAT等油脂合成关键基因。本研究在无参考基因组的情况下，根据油莎豆块茎三代转录组数据，获得基因信息，同时构建了脂肪酸合成代谢通路并得到部分功能基因的全长序列，为后续油莎豆油分合成代谢的分子机制研究提供数据支持。