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三疣梭子蟹Ⅰ型微卫星标记的发掘及多态性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 吕建建 1 ; 王渝 1 ; 高保全 1 ; 李健 1 ; 刘萍 1 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院黄海水产研究所

关键词： 三疣梭子蟹;微卫星标记;多态信息含量

期刊名称： 水产学报

ISSN： 1000-0615

年卷期： 2013 年 37 卷 006 期

页码： 816-822

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为发掘三疣梭子蟹Ⅰ型微卫星标记,实验运用生物信息学方法,从NCBI数据库已公开的13 985条三疣梭子蟹EST序列中搜索微卫星位点.结果显示,共搜索到287个微卫星位点,其中主要为二核苷酸重复序列(173个),占总数的60.3%;其次为三核苷酸重复序列(79个),占总数的27.5%;四、五、六核苷酸重复位点较少;在二核苷酸重复位点中,AC/GT重复位点最为丰富,占二核苷酸重复位点总数的53.8%,AG/CT重复次之,占二核苷酸重复位点总数的37.0%,AT和GC重复较少.挑选14个Ⅰ型微卫星标记在野生三疣梭子蟹群体中进行多态性检测,发现8个位点呈多态性,平均多态信息含量(PIC)和平均遗传杂合度(H)分别为0.57和0.63.其中6个多态性位点的PIC值大于0.5,呈现较高多态性特征.研究表明,基于三疣梭子蟹EST数据发掘Ⅰ型微卫星标记的方法切实可行.本研究发掘的Ⅰ型微卫星标记将为三疣梭子蟹遗传多样性评估、遗传连锁图谱构建和QTL分析提供有效的分子标记.

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