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基于RNA-Seq的辣木叶转录组研究

文献类型： 中文期刊

作者： 张雅玲 1 ; 王小安 1 ; 潘少霖 1 ; 叶新福 1 ;

作者机构： 1.福建省农业科学院果树研究所

关键词： 辣木;转录组;功能注释

期刊名称： 福建农业学报

ISSN： 1008-0384

年卷期： 2017 年 10 期

页码： 1111-1117

收录情况： 北大核心

摘要： 为探讨辣木叶营养价值形成的遗传基础,采用RNA-seq对不同发育时期的辣木叶混合样品进行转录组测序,获得44 056 449个reads,共组装得到75 452条unigene,平均长度为795.69nt,其中有15 824条unigene长度大于1 000nt。采用公共数据库进行同源比对,共有30 847条unigene得到注释。其中,有18 277条unigenes被注释到GO数据库的52个功能组,9 689条unigene在COG数据库中得到注释。有10 130条unigene被富集到129条KEGG途径,包括碳代谢、氨基酸生物合成和氧化磷酸化途径。

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