文献类型： 中文期刊

作者： 刘波 ¹ ; 王阶平 ¹ ; 陈倩倩 ¹ ; 刘国红 ¹ ; 车建美 ¹ ; 陈德局 ¹ ; 郑雪芳 ¹ ; 葛慈斌 ¹ ;

作者机构： 1.福建省农业科学院农业生物资源研究所

关键词： 宏基因组学;微生物群落;微生物发酵床;分析方法

期刊名称： 福建农业学报

ISSN： 1008-0384

年卷期： 2016 年 31 卷 06 期

页码： 630-648

摘要： 养猪微生物发酵床分解猪粪、消除恶臭,将猪粪形成生物菌肥,实现了养猪污染的微生物治理和猪粪的资源化利用,微生物起到关键作用。然而,关于发酵床微生物群落的种类、数量、结构等方面系统研究鲜见报道。课题组采用高通量宏基因组学方法,系统地开展了微生物发酵床的微生物组研究,揭示不同空间、不同深度、不同发酵程度、不同垫料组成、不同季节发酵床中的微生物组成及其区系演替规律。本文就相关的宏基因组测序的样本采集、样本处理、测序原理、分析模型、数据统计、结果表述等分析流程和方法进行了归纳,阐明微生物组操作分类单元(OTU)鉴定,物种累积曲线,核心微生物组,种类丰度主成分分析,种类秩-多度曲线,物种组成丰度柱状图、热图、星图等分析的原理与方法,列举微生物组种类复杂度α-多样性分析、β-多样性分析、种类显著性差异LEfSe分析,冗余分析等实例,为深入研究发酵床微生物群落提供了完整的分析思路和范例。