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5种桉属植物的miRNA生物信息学预测

文献类型： 中文期刊

作者： 李崇奇 1 ; 周鹏 2 ; 蔡望伟 3 ;

作者机构： 1.海南医学院生物化学与分子生物学教研室

2.海南大学农学院

3.中国热带农业科学院热带生物技术研究所分析测试中心

关键词： 桉树;miRNA;EST

期刊名称： 安徽农业科学

ISSN： 0517-6611

年卷期： 2014 年 15 期

页码： 4587-4590

收录情况： 北大核心

摘要： [目的]识别桉树miRNA基因和寻找与桉树木质形成相关的miRNA,为进一步开展桉树遗传品质改良工作奠定理论基础。[方法]将mirBase数据库中所有植物的3 228条miRNA序列提交到psRobot网站进行茎环结构预测,应用blast-2.2.27+软件与rfam数据库和pfam数据库比对后去除非miRNA序列,并应用bioedit软件分析miRNA序列及前体序列的碱基组成特点。[结果]共计预测到26条miRNA前体序列和19条不同的成熟miRNA序列,并发现桉树miRNA序列在碱基偏倚现象,5’端第1碱基尿嘧啶出现的频率高达52.6%,而在第19碱基胞嘧啶出现频率为61.1%。靶基因预测发现3个与木质形成相关的miRNA。[结论]应用生物信息学方法首次在桉树中预测到了19条成熟miRNA序列,并识别到了3个与木质形成相关的miRNA。

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