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食用黄花菜SSR标记开发及指纹图谱库构建

文献类型： 中文期刊

作者： 刘新星 1 ; 欧巧明 1 ; 罗俊杰 1 ; 李忠旺 1 ; 石有太 1 ; 崔文娟 1 ;

作者机构： 1.甘肃省农业科学院生物技术研究所

关键词： 黄花菜;SSR标记;指纹图谱

期刊名称： 食品与发酵工业

ISSN： 0253-990X

年卷期： 2022 年 48 卷 012 期

页码： 188-195

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用转录组测序技术开发SSR标记,旨在为食用黄花菜种质资源鉴定、评价及遗传多样性分析提供技术支撑.测序共得到104177个Unigene,总长度为79106833 bp,平均长度为759 bp,利用MISA软件对Uni-gene进行搜索,共检测到15890个SSR,其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复占比较高,分别为18.57%、27.23%和44.26%.设计合成SSR引物114对,通过聚丙烯酰氨凝胶电泳最终筛选出20对核心引物,20对引物在43份黄花菜种质中共检测到88个等位变异,每个位点的等位变异数为3~8个,平均为4.4个,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)值变幅为0.23~0.77,平均为0.4995.依据扩增产物的片段大小确定了每个SSR位点的等位变异以及对应的参照品种,建立了基于SSR的DNA指纹鉴定技术体系,并构建了43份黄花菜种质的DNA指纹数据.该研究开发的SSR标记具有丰富的多态性.

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