文献类型： 中文期刊

作者： 吴彪 ¹ ; 赵庆 ¹ ; 刘寒苗 ¹ ; 刘志鸿 ¹ ; 孙秀俊 ¹ ; 孙超 ¹ ; 周丽青 ¹ ; 杨爱国 ¹ ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室;海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室青岛海洋科学与技术国家实验室;水产科学国家级实验教学示范中心上海海洋大学;烟台市水产研究所

关键词： DNA条形码;帘蛤目;比较分析;有效性

期刊名称： 中国水产科学

ISSN： 1005-8737

年卷期： 2018 年 04 期

页码： 880-890

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： DNA条形码基因已经广泛应用在海洋贝类的分类鉴定、系统发育进化、种群遗传分析等领域的研究。为进一步研究评估不同DNA条形码基因在海洋贝类鉴定中的作用,本研究利用从Gen Bank数据库随机下载的帘蛤目COI、16S r RNA、18S r RNA和28S r RNA基因序列,通过传统距离法和单系聚类法结合分析,比较了上述DNA条形码基因在鉴定物种及系统发育进化中的鉴定效率,并以本实验室已获得的部分贝类DNA序列进行了验证。结果表明,根据"10倍法则"和"2%"阈值标准,本研究中COI能够鉴定57.1%物种,16S r RNA能够鉴定60.9%,18S r RNA鉴定16.7%,而28S r RNA无法有效鉴定;多数种COI和16S r RNA基因序列的种间遗传距离和种内遗传距离存在"条形码间隙",而18S r RNA和28S r RNA序列的种间和种内的遗传距离存在显著重叠,没有明显"条形码间隙";聚类分析结果表明,基于COI基因序列,87.9%的个体与同种聚为单系,以16S r RNA序列,65.6%的个体与同种聚为单系,未聚成单系的个体则形成姐妹系,未出现不同种聚为单系现象,能够呈现与形态分类基本一致的系统发生关系;但18S r RNA和28S r RNA呈现的聚类关系相对混乱。相对而言,在鉴定帘蛤目物种时,COI和16S r RNA都能够作为条形码基因,且COI有效性更高,18S r RNA和28S r RNA基因由于种内变异较大,不适于作为条码基因。研究结果为科学选用DNA条形码基因进行帘蛤目贝类的鉴定提供了参考资料。