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雷蒙德氏棉和亚洲棉Alfin-like PHD finger家族的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 马盼盼 1 ; 赵曾强 2 ; 叶春秀 2 ; 孙国清 2 ; 谢宗铭 3 ;

作者机构： 1.新疆农垦科学院生物技术研究所作物种质创新与基因资源利用兵团重点实验室;中国农业科学院生物技术研究所

2.;新疆农垦科学院生物技术研究所作物种质创新与基因资源利用兵团重点实验室;中国农业科学院生物技术研究所

3.;新疆农垦科学院生物技术研究所作物种质创新与基因资源利用兵团重点实验室;中国农业科学院生物技术研究所;

关键词： Alfin-like PHD finger;雷蒙德氏棉;亚洲棉;生物信息学

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2018 年 03 期

页码： 724-732

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： Alfin-like PHD finger是植物中特有的一类转录调控因子,在调控植物生长发育、非生物胁迫响应及抗病反应等过程中起重要作用。为全面了解Alfin-like PHD finger基因家族在雷蒙德氏棉和亚洲棉基因组中的数目、分布情况及家族各成员间的关系,进而研究和揭示Alfin-like PHD finger在棉花抵抗逆境胁迫中的作用。运用生物信息学的方法在雷蒙德氏棉(D5)和亚洲棉(A2)全基因组中分别鉴定出12个和10个Alfin-like PHD finger基因家族成员,并对家族成员的基因结构、染色体定位、保守结构域及进化关系等方面进行分析。结果表明,雷蒙德氏棉和亚洲棉中Alfin-like PHD finger转录因子具有高度保守的DUF3594结构域和PHD结构域,两个二倍体棉花中该家族基因成员之间为一对一关系;雷蒙德氏棉中的12个成员基因分布在5条染色体上,亚洲棉中的10个成员基因也分布在5条染色体上;亚细胞定位预测发现,该家族的基因分别定位于细胞核、叶绿体基质、过氧化物酶体和细胞质基质;根据结构域差异和系统发育分析结果,将Alfin-like PHD finger转录因子家族分为3个进化分支。上述结果为分离鉴定棉花中新的逆境胁迫响应基因提供参考。

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