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椰子保守microRNA预测和特征分析

文献类型： 中文期刊

作者： 夏薇 1 ; 李静 1 ; 周丽霞 1 ; 杨耀东 1 ; 肖勇 1 ; 马子龙 2 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院椰子研究所/海南省热带油料作物生物学重点实验室

2.中国热带农业科学院热带生物技术研究所

关键词： 椰子;保守miRNA;靶基因

期刊名称： 广东农业科学

ISSN： 1004-874X

年卷期： 2014 年 41 卷 14 期

页码： 130-135

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 根据释放的椰子转录组序列和miRBase数据库中的microRNA(miRNA)序列信息,分析椰子中保守miRNA及其相应靶基因的特征。根据miRBase数据库中植物miRNA序列,共预测了41个miRNA,分别属于22个miRNA家族。这些miRNA家族中13个家族在植物中非常保守,miRBase至少在19个物种中检测到,而miR902、miR2673和miR414这3个家族不保守,仅在1~2个物种中检测到。这些预测的miRNA的成熟序列长度大多为21个碱基(59.5%),而前体序列的长度大多为50~100个碱基(61.9%)。分析miR396家族前体序列时发现,成熟miRNA和成熟miRNA*(成熟miRNA形成发卡结构互补的序列)序列很保守,但是中间的序列变异很大。此外,预测miRNA的靶基因发现保守的miRNA家族的靶基因为一些重要的转录因子家族,与植物的生长发育相关,而不太保守的miRNA家族的靶基因编码与表型控制相关的蛋白。

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