文献类型： 中文期刊

作者： 魏上 ¹ ; 谢玲莉 ¹ ; 朱华 ² ; 张清靖 ² ; 沈玉帮 ¹ ; 徐晓雁 ¹ ; 李家乐 ¹ ;

作者机构： 1.上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室

2.北京市农林科学院水产科学研究所渔业生物技术北京市重点实验室

关键词： 草鱼;基因组;甲基化测序;差异甲基化

期刊名称： 水产学报

ISSN： 1000-0615

年卷期： 2023 年 003 期

页码： 101-113

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探究水产养殖过程中DNA甲基化对亚洲草鱼群体人工驯化与环境选择适应的影响，本实验对亚洲范围内8个地区的养殖和野生草鱼群体进行了全基因组甲基化测序，测序序列经质控后比对到草鱼参考基因组上，并进行差异甲基化分析和功能富集分析。结果显示，甲基化测序共获得308.15 Gbp测序数据，平均测序深度31×，平均比对率62.97%。对5个养殖群体分别与野生背景群体间进行差异甲基化分析，共发掘出76 422个差异甲基化位点、3 737个差异甲基化区域、1 950个差异甲基化基因。功能分析发现，差异甲基化基因被注释到血管生成、神经嵴细胞迁移、T细胞分化、颅骨系统发育、肌肉细胞发育等GO功能分类中。KEGG代谢途径富集分析的结果显示，差异甲基化基因主要参与细胞黏附连接、Notch信号通路和Wnt信号通路等代谢途径。在这些功能注释的基因中，有许多与神经、免疫、骨骼和肌肉等组织发育相关的重要基因，如sema3d、sema5bb和nrg2a等。本研究进一步对表观遗传修饰在草鱼人工驯化和环境选择适应作用机制的探究奠定了基础，为保存和科学利用草鱼种质资源提供了有价值的遗传基础数据。