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彩色花椰菜叶绿体全基因组特征分析

文献类型： 中文期刊

作者： 朱惠霞 1 ; 陶兴林 1 ; 刘明霞 1 ;

作者机构： 1.甘肃省农业科学院蔬菜研究所

关键词： 花椰菜;叶绿体基因组;密码子偏好性;SSR;系统发育

期刊名称： 种子

ISSN： 1001-4705

年卷期： 2023 年 42 卷 004 期

页码： 64-71,封3

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 使用 Illumina HiSeq 2500 高通量测序平台测序组装白色、紫色、橙色、淡绿色 4 种花椰菜叶绿体全基因组,分析结果显示,花椰菜叶绿体基因组全长为 153 364 bp(淡绿色)和 153 366 bp(白色、紫色、橙色),由 4 个区域组成,包括 1 个88 136~88 138 bp的长单拷贝区(LSC)、1 个 17 834~17 835 b的短单拷贝区(SSC)以及 2 个 26 196~26 197 bp的反向重复(IRa/IRb),4 种花椰菜叶绿体基因组均注释 132 个基因,包括 87 个蛋白编码基因、37 个 tRNA和 8 个 rRNA.有 19个基因在 IR区重复;平均总 GC 含量均为 36.36%;共有 67 种密码子编码 24 种氨基酸,32 个密码子的使用频率(RSCU)大于 1.00,偏向于以 A或 U结尾的同义密码子占 90.6%,系统发育分析表明,花椰菜和甘蓝亲缘关系最近,它们与芥菜和欧洲油菜聚为一大类.

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