文献类型： 中文期刊
作者： 郑乾明 1 ; 王壮 1 ; 彭志军 1 ; 马玉华 1 ; 蔡永强 1 ;
作者机构： 1.贵州省果树科学研究所
关键词： 仙人掌科;基因组;核苷酸;序列一致性
期刊名称： 植物病理学报
ISSN： 0412-0914
年卷期： 2017 年 47 卷 03 期
页码： 364-369
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 对疑似感染病毒的火龙果(Hylocereus undatus Britt.)进行高通量测序,分析病毒种类和相对含量,为火龙果病毒诊断和检测提供理论基础。测序reads经拼接和注释,共3 969条contig注释为病毒,包含44 354 147条reads。10条contig注释为CVX-NTU(JF937699),其含有的reads占所有病毒reads数量的85.18%;10条contig注释为ZyVX(AY366208),占所有病毒reads数量的4.97%;6条contig注释为SchVX(AY366207),占所有病毒reads数量的3.75%;6条contig注释为CVX(AF308158),占所有病毒reads数量的0.26%。拼接获得的CVX-NTU序列完全覆盖CVX-NTU(JF937699)基因组,核苷酸序列一致性为97%。编码的5个ORF核苷酸序列与CVX-NTU(JF937699)一致性为97%~98%,氨基酸序列一致性为97%~99%。拼接获得的CVX-NTU序列与CVX、ZyVX和SchVX的核苷酸序列一致性分别为78%、75%和70%。这是首次利用高通量测序检测火龙果病毒的报道。
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