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甘薯SPF1转录因子的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李元元 1 ; 高志强 2 ; 曹清河 3 ;

作者机构： 1.江苏省徐州市农业科学院;江苏师范大学药用植物生物技术省级重点实验室

2.;江苏省徐州市农业科学院;江苏师范大学药用植物生物技术省级重点实验室

3.;江苏省徐州市农业科学院;江苏师范大学药用植物生物技术省级重点实验室;

关键词： 甘薯;SPF1;转录因子;WRKY结构域

期刊名称： 江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2017 年 04 期

页码： 760-767

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： WRKY蛋白是一类植物特有的转录因子超家族,SPF1是第一个从植物(高系14)中克隆的WRKY家族基因。借助生物信息学手段,对甘薯SPF1蛋白组成、结构和功能进行分析预测。结果表明,SPF1编码蛋白含有丰富的丝氨酸位点,并含有2个WRKY保守结构域,分别带有CX_4CX_(22)HXH和CX_4CX_(23)HXH锌指结构,分别形成4个和5个β-折叠片。SPF1和甘薯祖先种Ipomoea trifida WRKY结构域均具有非常保守的WRKYG(Q/K)K氨基酸序列,并且C端WRKY结构域的保守性比N端WRKY结构域的低。系统进化树分析结果显示,蛋白N端和C端的WRKY结构域分属2个不同的分支。蛋白结构预测结果显示,SPF1 WRKY结构区(204~445 aa)处于蛋白三维结构的内侧,形成非亲水性靶标DNA结合区。SPF1作为转录因子,在调控细胞核基因表达的同时,其蛋白N端序列具有叶绿体定位功能。推测SPF1可能参与细胞核和叶绿体的基因表达调控。

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