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鲤鱼同源框基因家族HoxA2b基因生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 耿波 1 ; 孙效文 1 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院黑龙江水产研究所

关键词： 鲤鱼;同源框基因;序列同源性;进化树

期刊名称： 浙江农业学报

ISSN： 1004-1524

年卷期： 2012 年 24 卷 05 期

页码： 787-791

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： Hox基因家族是一组决定胚胎发育的关键基因,也是研究生物进化中染色体加倍和基因复制的重要模型之一。通过利用比较基因组学和生物信息学的方法,对鲤鱼基因组数据库的HoxA2b基因进行调取、序列分析比较,绘制4种同源进化树,结果发现:HoxA2b基因十分保守,大多数鲤科鱼类HoxA2b基因同源性在99%～100%;找到一段所有生物共有的保守序列,长度为188 bp,编码62个氨基酸;鲤鱼的HoxA2b基因与其他20种生物的保守区同源性在85%～100%,相对遗传距离在1.14～1.55之间;对碱基替代率进行分析发现非同义碱基替代率远远高于同义碱基替代率,认为鲤鱼的HoxA2b基因变异较大,与其他生物的HoxA2b基因遗传距离较远,可能与鲤鱼的基因组复制和染色体加倍有关。

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