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基于线粒体DNA D-loop区全序列分析儋州鸡遗传多样性及其起源进化关系

文献类型： 中文期刊

作者： 李义书 1 ; 侯冠彧 1 ; 曹婷 1 ; 施力光 1 ; 周汉林 1 ; 周雄 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所

关键词： 儋州鸡;线粒体DNA(mtDNA);D-loop区;遗传多样性;起源

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2019 年 005 期

页码：

收录情况： 北大核心

摘要： 为了研究儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系,本研究对36只儋州鸡样品的线粒体DNA(mtDNA) D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的部分品种鸡的mtDNA D-loop区全序列,利用生物信息学方法进行数据处理,分析儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系.结果显示,儋州鸡mtDNA D-loop区扩增片段长度为1 210 bp,A+T含量为59.9%,C+G含量为40.1%,变异区在167~1 215 bp之间,高变区主要集中在167~367 bp之间,存在6种单倍型,共有20个变异位点,单倍型变异度(Hd)为0.571,平均核苷酸差异(k)为6.449,核苷酸多样度(Pi)为0.00537,中性检验的Tajima's D值为1.61643,6种单倍型可分为A、B、C 3个世系,以B世系为主.研究结果表明,儋州鸡群体遗传多样性和单倍型多样性相对偏低,结合群体构建的系统进化树发现,儋州鸡的遗传组成来自3个母系祖先,缅甸红原鸡、爪哇红原鸡及红原鸡海南亚种均是其潜在的祖先,受外来鸡种影响较小,是一个较为封闭的原始鸡种.

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