文献类型： 中文期刊

作者： 金亮 ¹ ; 李小白 ² ; 田丹青 ² ; 史小华 ² ; 葛亚英 ² ; 王炜勇 ³ ;

作者机构： 1.浙江省农业科学院花卉研究开发中心国家花卉工程技术研究中心凤梨研发与推广中心;浙江省农业科学院园艺研究所

2.;浙江省农业科学院花卉研究开发中心国家花卉工程技术研究中心凤梨研发与推广中心;浙江省农业科学院园艺研究所

3.;浙江省农业科学院花卉研究开发中心国家花卉工程技术研究中心凤梨研发与推广中心;浙江省农业科学院园艺研究所;

关键词： 松萝凤梨;空气凤梨;基因内部单核苷酸多态;功能注释

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2017 年 07 期

页码： 2716-2724

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 松萝凤梨(Tillandsia usneoides)是一种无根、可在无泥土的空气中生长的特殊植物,属于空气凤梨的一种。该植物直接通过其叶片从空气中吸收水分和养分,主要应用于环境指示、室内观赏、装饰等方面。由于其基因组信息的缺乏,其分子标记的开发和利用受到了一定的限制。利用新一代测序技术对松萝凤梨转录组进行深度测序,获得转录组数据。在转录组数据中,一共检测到了69 570个基因内部SNP(genic SNP),平每579 bp就有一个SNP。在Genic SNP中,转换占61.84%,颠换占38.12%。转换中A/G以及C/T之间的转换是最主要的形式,分别占了所有Genic SNP的31.54%和30.30%。对含有genic SNP位点序列(genic SNP-unigene,GSU)注释发现:12 926条GSU具有GO注释;7 572条GSU具有KOG注释;3 403条GSU具有KEGG注释。这些GSU涉及到了许多重要的生物功能和代谢途径。这些信息为松萝凤梨SNP标记的开发以及相关基因组研究奠定了基础。