文献类型： 中文期刊

作者： 江景勇 ¹ ; 金亮 ² ; 汪利梅 ³ ; 陈珍 ⁴ ; 孙健 ⁵ ; 李小白 ⁶ ;

作者机构： 1.台州市农业科学研究院

2.浙江省园林植物与花卉研究所

3.浙江省淳安县临岐镇人民政府

4.台州学院生命科学学院

5.浙江省中药研究所有限公司

6.浙江省农业科学院

关键词： 掌叶覆盆子;转录组;SSR

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2025 年 23 卷 019 期

页码： 6451-6458

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 掌叶覆盆子是一种药食同源植物，具有很高的经济价值。本研究通过转录本进行SSR标记资源的分析。利用覆盆子转录组数据开发SSR，并且对能潜在扩增的SSR所在序列进行了功能基因注释。总共取得了664 637 576个测序片段(99.72 Gb)，最后获得44 209条拼接片段，所有片段长度达到了58 887 703 bp。在这些SSR中有10 113个单核苷酸重复，6 791个二核苷酸重复，2 638个三核苷酸SSR,164个四核苷酸SSR,30个五核苷酸SSR和77个六核苷酸SSR。除了单核苷酸SSR外，其中二核苷酸SSR是最为丰富的(34.27%)，其次是三核苷酸SSR(13.31%)。本研究参考了拟南芥的序列进行注释，SSR所在序列中3 676条序列在KEGG中得到了注释，其中注释多的为次生代谢产物的生物合成中的1 641个基因，其次为植物激素信号途径中的867个基因。这些标记信息将丰富掌叶覆盆子及至整个悬钩子属的分子标记库，为后续的遗传多样性研究、基因定位以及分子育种提供有效工具。