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‘芙蓉李’转录组SSR信息分析与分子标记开发

文献类型： 中文期刊

作者： 方智振 1 ; 叶新福 1 ; 周丹蓉 1 ; 姜翠翠 1 ; 潘少霖 1 ;

作者机构： 1.福建省农业科学院果树研究所

关键词： 李;SSR;转录组

期刊名称： 果树学报

ISSN： 1009-9980

年卷期： 2016 年 04 期

页码： 416-424

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】明确‘芙蓉李’转录组SSR总体特征,开发SSR引物,为李种质资源多样性分析和品种鉴定等奠定基础。【方法】采用MISA分析‘芙蓉李’转录组SSR位点信息,利用Primer3设计引物,并随机选择40对引物对8个李品种进行多态性分析。【结果】在‘芙蓉李’转录组中,共检测到7 601个SSR位点,分布于5 434条Unigene,SSR位点出现频率为54.51%(SSR位点数7 601与大于1 kb的Unigene数13 944的比值)。其中,单核苷酸重复是主要类型,占总SSR的42.19%。其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的37.72%和18.48%。A/T和AG/CT是单核苷酸和二核苷酸的优势重复基元。对7 601个SSR位点设计出4 235对SSR引物。随机选择40对引物进行PCR扩增,其中17对在8个李品种中表现出多态性。【结论】李转录组数据是开发SSR标记的有效来源,开发的SSR标记可为李种质资源遗传多样性分析等提供了丰富的候选标记。

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