您好，欢迎访问上海市农业科学院 机构知识库！
上海市农业科学院机构知识库

全部

  • 全部
  • 标题
  • 学者
  • 机构
  • 关键词

基于RNA-Seq技术的换锦花转录组分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李青竹 1 ; 张永春 2 ; 杨柳燕 2 ; 孙翊 2 ; 李心 3 ;

作者机构： 1.上海市农业科学院林木果树研究所

2.;上海市农业科学院林木果树研究所

3.;上海市农业科学院林木果树研究所;

关键词： 换锦花;转录组测序;生物碱合成;SSR

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2017 年 12 期

页码： 5044-5051

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 换锦花是我国重要的观赏和药用花卉,其植株富含多种生物碱成分,具有良好的经济价值和社会价值。但是换锦花同许多药用植物一样,缺乏基因信息,这限制了其基因功能的挖掘和研究。本研究以盛叶期换锦花的鳞茎和叶片混合样品为材料,利用Illumina Next SeqTM500测序平台对其进行转录组测序,共获得42 509 194条干净数据(clean reads),总碱基数为6 242 970 322 bp。Clean reads经de novo组装后获得86 243条unigenes。进一步利用五大公共数据库进行同源比对,共注释到42 818个Unigenes。对Unigenes进行GO和KEGG功能分类,分别获得67个功能群和263个Pathway,发现了部分生物碱合成途径的候选基因,并查找到11 626个SSR位点。本研究为换锦花生物碱合成分子机理的研究和遗传多样性分析奠定基础。

  • 相关文献

[1]UPLC-MS/MS法快速分析换锦花中加兰他敏的动态积累变化. 李青竹,蔡友铭,张永春,郑玉红,杨柳燕. 2019

[2]上海地区换锦花花芽分化进程的形态和生理变化. 李青竹,许俊旭,蔡友铭,张永春,杨柳燕. 2025

[3]枇杷果实坐果前后差异基因筛选. 任燕,张学英,安海山,徐芳杰,蒋爽. 2020

[4]不结球白菜分子遗传图谱的构建及分析. 单晓政,李英,高素燕,马成英,刘同坤,朱玉英,侯喜林. 2009

[5]50个鲜食糯玉米农艺性状和SSR标记遗传多样性分析. 韩晴,卢媛,王义发,逯连静,沈新芬,沈渊,施标,沈雪芳. 2016

[6]上海地区芸薹属蔬菜遗传多样性研究. 杨华,刘灶长,陈海荣,陈亮,罗利军. 2006

[7]SSR特异标记在真姬菇中的可传递性. 许占伍,陈辉,冯志勇,陈明杰. 2010

[8]中国金针菇工厂化生产用种SSR和AFLP遗传多样性分析. 陆欢,章炉军,张丹,李开盛,尚晓冬,谭琦. 2014

[9]利用分子标记技术鉴定西瓜杂交种纯度. 李菊芬,许玲,马国斌. 2009

[10]草莓灰霉病抗性遗传分析和分子标记初定位. 曹娴,高清华,聂京涛,王云莉,何欢乐,蔡润,潘俊松. 2011

[11]20个鲜食玉米杂交种DNA指纹库的构建. 韩晴,沈雪芳,陆卫平,王义发,彭日荷,姚泉洪. 2014

[12]花菜类SSR分子标记筛选及其在品种鉴定上的应用. 褚云霞,邓姗,李寿国,刘丹,陈海荣,任丽,章毅颖,赵洪. 2022

[13]“夏光”、“早夏16”甘蓝杂交种DNA指纹图谱的构建. 刘冲,王曙霞,任云英,陈锦秀,葛才林,薄天岳. 2006

[14]葡萄全基因组SSR分析和数据库构建. 蔡斌,李成慧,姚泉洪,周军,陶建敏,章镇. 2009

[15]设施用厚皮甜瓜品种SSR标记遗传多样性分析. 刘龙洲,翟文强,陈亚丽,陈幼源,朱为民. 2012

[16]利用电子PCR分析草菇基因组SSR标记多态性. 熊登坤,鲍大鹏,边银丙. 2014

[17]基于SSR标记的草莓品种DNA指纹图谱的构建及应用. 黄志城,石敬韡,庞夫花,王显生,赵密珍,陈海荣. 2017

[18]灵芝基因组SSR位点分布与分析. 徐凯,张劲松,唐传红,杨焱,唐庆九,唐川,王天娇,赵明文. 2014

[19]草莓抗炭疽病遗传图谱及其QTL初分析. 李静,高志红,段可,刘建成,叶正文,高清华. 2012

[20]基于香菇全基因组序列开发的部分SSR标记多态性分析与品种鉴定初探. 张丹,巫萍,章炉军,唐利华,宋春艳,尚晓冬,鲍大鹏,谭琦. 2012

作者其他论文 更多>>
置顶
购物车
反馈

© 京ICP备09089781号-29 主办单位：上海市农业科学院

学术资源： 中国农业科学院 农业专业知识服务系统 农科联盟资源共建共享平台 中国农业科技文献与信息服务平台 中国农业期刊集成服务平台