文献类型： 中文期刊

作者： 张欣 ¹ ; 尤宏争 ² ; 李荣妮 ² ; 朱莉飞 ² ; 李文通 ² ; 梁拥军 ² ; 史东杰 ² ; 孙砚胜 ³ ;

作者机构： 1.北京市水产科学研究所;天津市水产研究所

2.;北京市水产科学研究所;天津市水产研究所

3.;北京市水产科学研究所;天津市水产研究所;

关键词： 金鱼;密码子;密码子偏好性;GC含量

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2017 年 S1 期

页码： 30-36

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 不同物种间的同义密码子使用偏性存在差异,开展密码子偏好性研究可深入了解基因表达特征,为分子育种提供依据。利用Illumina Hi Seq 2000高通量测序技术获得金鱼的转录组数据,筛选符合条件的编码基因序列(Coding DNAsequence,简称CDS),并通过Codon W软件和CUSP程序对金鱼蛋白质编码基因序列进行了分析,获得编码氨基酸的密码子使用频率,并与人、酵母、大肠杆菌、果蝇、斑马鱼等不同种类的模式生物进行比较。结果表明,金鱼8 143个基因在64个密码子中有28种偏爱密码子,有效密码子数为54.9,3个位置的平均GC含量为0.509,第3位密码子GC百分含量为0.564,金鱼偏向使用G或C结尾的密码子。金鱼密码子偏好性与模式生物有不同程度的差异,与酵母密码子使用频率差异最大,与斑马鱼的密码子偏好性一致。