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基于海甘蓝RNA-Seq序列开发EST-SSR分子标记

文献类型： 中文期刊

作者： 戚维聪 1 ; 程计华 2 ; 黄邦全 3 ; 李坦 1 ; 林峰 1 ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院农业生物技术研究所

2.荷兰瓦赫宁根大学植物育种系

3.湖北大学生命科学院

关键词： 海甘蓝;RNA-Seq;EST-SSR;分子标记

期刊名称： 江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2014 年 05 期

页码： 83-88

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用油料作物海甘蓝(十字花科)发育时期种子的RNA-Seq测序数据组装获得186 778条cDNA重叠群(Contigs)序列,通过MISA和Primer 3程序设计了6 639个EST-SSR分子标记。在这些标记中,除了单核苷酸重复(45%)外,三核苷酸重复的SSR是最常见的碱基重复类型(29%),其次是双核苷酸型(10%)、五核苷酸型(7%)、六核苷酸型(5%)和四核苷酸型(2%)型。采用电子定位的方法将1 206个EST-SSR标记定位到近缘种白菜(Brassica napa)的基因组上。依据引物在白菜基因组中的分布,挑选了20条EST-SSR引物在海甘蓝中进行PCR验证,其结果显示所有引物均能够扩增出符合预期大小的PCR片段。这些新开发的EST-SSR引物可以作为功能标记应用于海甘蓝的分类鉴定、遗传图谱构建、种质资源鉴定以及分子标记辅助育种工作中。

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